Tags: Вологда, Скрынников
Записи с тэгом ‘Скрынников’
X-ray Crystallography Module in MD Simulation Program Amber 2023. Refining the Models of Protein Crystals
Опубликовано: 26.12.2023
Here, we present the new crystallography module xray, released as a part of the Amber 2023 package.
Oleg Mikhailovskii, Sergei A. Izmailov, Yi Xue, David A. Case, and Nikolai R. Skrynnikov
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.3c01531
(далее…)Tags: Измайлов, Михайловский, Скрынников
Using NMR diffusion data to validate MD models of disordered proteins: Test case of N-terminal tail of histone H4
Опубликовано: 20.11.2023
Olga O Lebedenko, Vladislav A Salikov, Sergei A Izmailov, Ivan S Podkorytov, Nikolai R Skrynnikov
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0006349523007208
(далее…)Tags: Измайлов, Лебеденко, Подкорытов, Саликов, Скрынников
Conformational and Interaction Landscape of Histone H4 Tails in Nucleosomes Probed by Paramagnetic NMR Spectroscopy
Опубликовано: 09.11.2023
Wenjun Sun, Olga O. Lebedenko, Nicole Gonzalez Salguero, Matthew D. Shannon, Mohamad Zandian, Michael G. Poirier, Nikolai R. Skrynnikov, and Christopher P. Jaroniec
https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/jacs.3c10340
(далее…)Tags: Лебеденко, Скрынников
Aromatic ring flips in differently packed ubiquitin protein crystals from MAS NMR and MD
Опубликовано: 12.01.2023
Diego F. Gauto, Olga O. Lebedenko, Lea Marie Becker, Isabel Ayala, Roman Lichtenecker, Nikolai R. Skrynnikov, Paul Schanda
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2590152422000204?via%3Dihub
(далее…)Tags: Лебеденко, Скрынников
Effect of rotation in NMR diffusion experiments on micron-sized particles: A generalized theoretical treatment
Опубликовано: 17.11.2022
Ivan S.Podkorytov, Nikolai R.Skrynnikov
https://doi.org/10.1016/j.jmr.2022.107303
(далее…)Tags: Подкорытов, Скрынников
Amber22 is now available!
Опубликовано: 27.04.2022
D.A. Case, H.M. Aktulga, K. Belfon, I.Y. Ben-Shalom, J.T. Berryman, S.R. Brozell, D.S. Cerutti, T.E. Cheatham, III, G.A. Cisneros, V.W.D. Cruzeiro, T.A. Darden, R.E. Duke, G. Giambasu, M.K. Gilson, H. Gohlke, A.W. Goetz, R. Harris, S. Izadi, S.A. Izmailov, K. Kasavajhala, M.C. Kaymak, E. King, A. Kovalenko, T. Kurtzman, T.S. Lee, S. LeGrand, P. Li, C. Lin, J. Liu, T. Luchko, R. Luo, M. Machado, V. Man, M. Manathunga, K.M. Merz, Y. Miao, O. Mikhailovskii, G. Monard, H. Nguyen, K.A. O’Hearn, A. Onufriev, F. Pan, S. Pantano, R. Qi, A. Rahnamoun, D.R. Roe, A. Roitberg, C. Sagui, S. Schott-Verdugo, A. Shajan, J. Shen, C.L. Simmerling, N.R. Skrynnikov, J. Smith, J. Swails, R.C. Walker, J. Wang, J. Wang, H. Wei, R.M. Wolf, X. Wu, Y. Xiong, Y. Xue, D.M. York, S. Zhao, and P.A. Kollman
https://ambermd.org/doc12/Amber22.pdf
(далее…)Tags: Mikhailovskii, Yi Xue, Измайлов, Скрынников
Modeling a unit cell: crystallographic refinement procedure using the biomolecular MD simulation platform Amber
Опубликовано: 16.12.2021
Oleg Mikhailovskii, Yi Xue, and Nikolai R. Skrynnikov.
https://doi.org/10.1107/S2052252521011891.
(далее…)Tags: Михайловский, Скрынников
Modern development of magnetic resonance 2021
Опубликовано: 05.11.2021
В этом году на первой доступной нам очной конференции приняли участие несколько человек из нашей лаборатории.
Николай Скрынников выступил с приглашённым докладом «Structural and Dynamic Origins of ESR Lineshapes in Spin-Labeled GB1 Domain: the Insights from Experiments and Spin Dynamics Simulations Based on MD Trajectories». Помимо этого, Николай участвовал в качестве председателя на сессии Chemical and Biological Systems (5 ноября 2021 г.).
Ольга Лебеденко выступила с постерным докладом «Validating MD Models of Disordered Proteins Using NMR Data on Translational Diffusion».
Владислав Саликов выступил с постерным докладом «Improved Processing Scheme for Diffusion NMR Data Implemented in Web Server DDfit».
Борис Харьков выступил с устным докладом «The Role of Rotation in Diffusion NMR Experiments on Supramolecular Assemblies».
Конференция прошла в Казани 1-5 ноября 2021 г. в смешанном формате. Тезисы доступны онлайн.
Tags: Лебеденко, Саликов, Скрынников, Харьков
Выступление Николая Скрынникова на ученом совете медицинского факультета СПбГУ
Опубликовано: 06.10.2021Николай Скрынников выступил 6 октября 2021 с докладом “Исследования и компетенции Лаборатории био-ЯМР СПбГУ” на заседании ученого совета медицинского факультета СПбГУ, проведенном с использованием видеоконференции в системе MS TEAMS. На заседании присутствовали 19 человек, в том числе председатель ученого совета: и.о. декана медицинского факультета, к.м.н. И.Ю. Пчелин.
Протокол заседания Ученого совета Медицинского факультета
(далее…)Tags: Скрынников