Izmailov, S. A.; Podkorytov, I. S.; Skrynnikov, N. R. Simple MD-Based Model for Oxidative Folding of Peptides and Proteins. Scientific Reports 2017, 7 (1).
DOI: 10.1038/s41598-017-09229-7.
Tags: Измайлов, Подкорытов, Скрынников
Записи с тэгом ‘Скрынников’
Slow Conformational Exchange and Overall Rocking Motion in Ubiquitin Protein Crystals
Опубликовано: 27.07.2017
Kurauskas, V.; Izmailov, S. A.; Rogacheva, O. N.; Hessel, A.; Ayala, I.; Woodhouse, J.; Shilova, A.; Xue, Y.; Yuwen, T.; Coquelle, N.; Colletier, J.-P.; Skrynnikov, N. R.; Schanda, P. Slow Conformational Exchange and Overall Rocking Motion in Ubiquitin Protein Crystals. Nature Communications 2017, 8 (1).
DOI: 10.1038/s41467-017-00165-8.
Tags: Измайлов, Рогачева, Скрынников
Конференция Института Трансляционной Биомедицины СПбГУ «Актуальные проблемы трансляционной биомедицины — 2017»
Опубликовано: 16.07.2017
15-16 июля 2017 года состоялась III ежегодная конференция Института Трансляционной Биомедицины СПбГУ «Актуальные проблемы трансляционной биомедицины — 2017». Конференция объединяет учёных ИТБМ всех направлений, а также приглашенных ученых, работающих в смежных областях, из Санкт-Петербурга, Москвы и из-за рубежа.
В конференции приняли участие Николай Скрынников, Иван Подкорытов, Дмитрий Лузик, Ольга Рогачева, Севастьян Рабдано, Сергей Измайлов, Али Шабан и Олег Михайловский.
Николай Скрынников представил лекцию “Обзор исследований в области экспериментальной биофизики, клеточной биологии и компьютерного моделирования, проводимых в Лаборатории биомолекулярного ЯМР СПбГУ”.
Иван Подкорытов представил постер “Применение ЯМР эксперимента с диффузионным фильтром для детектирования сигнала гибкой части амилоидных фибрилл Sup35NM”.
Дмитрий Лузик представил постер “Ковалентное связывание пептидного лиганда с SH2 доменом Fyn киназы и его последствия в виде агрегации и снижения структурной стабильности домена”.
Ольга Рогачева представила постер “Новое взаимодействие между группой NH3+ лизина и карбонилами основной цепи, дополняющее водородные связи”.
Севастьян Рабдано представил постер “Потеря структуры и агрегация белка при возникновении дисульфидных мостиков под воздействием окислительного стресса: пример домена RRM2 из нейропатологического белка TDP-43”.
Сергей Измайлов представил постер “Простая модель оксидативного сворачивания пептидов и белков в молекулярной динамике”.
Али Шабан представил постер “Библиотека Матлаб для аппроксимации сигналов в двумерных ЯМР спектрах”.
Tags: Измайлов, Лузик, Подкорытов, Рабдано, Рогачева, Скрынников, Тюряева
Spinus 2017 – Магнитный резонанс и его приложения
Опубликовано: 29.04.2017
Николай Скрынников, Владислав Саликов и Севастьян Рабдано приняли участие в конференции Spinus 2017 — Магнитный резонанс и его приложения.
Николай Скрынников представил лекцию “Recent results from the Laboratory of biomolecular NMR @ SPbGU: from mechanism of anti-cancer peptides to characterization of flexible tails in amyloid fibrils”.
Севастьян Рабдано представил устный доклад “Reconstruction of particle size-distribution from conjunction of NMR and DLS diffusion data”.
Владислав Саликов представил устный доклад “Analysis of NMR spectra of alizarin and alizarin red S”.
Tags: Рабдано, Саликов, Скрынников
Origin of anti-tumor activity of the cysteine-containing GO peptides and further optimization of their cytotoxic properties
Опубликовано: 20.01.2017
Tyuryaeva, I. I., Lyublinskaya, O. G., Podkorytov, I. S. & Skrynnikov, N. R. «Origin of anti-tumor activity of the cysteine-containing GO peptides and further optimization of their cytotoxic properties» Scientific Reports 7, 40217 (2017).
DOI: 10.1038/srep40217
Tags: Люблинская, Подкорытов, Скрынников, Тюряева
Экспертный совет NIH
Опубликовано: 15.11.2016
Николай Скрынников участвовал в экспертном совете NIH, Вашингтон, США, 15-17 ноября, 2016.
Tags: Скрынников
Chicago Areа NMR Discussion Group (CANMRDG)
Опубликовано: 05.11.2016
Николай Скрынников организовал конференцию на 120 участников «Chicago Areа NMR Discussion Group (CANMRDG)», Милуоки, США, 5 ноября, 2016.
Tags: Скрынников
Dynamics in protein crystals: insights from MD simulations complement new solid-state NMR and X-ray data
Опубликовано: 03.09.2016O. N. Rogacheva , S. A. Izmailov , V. Kurauskas , A. Shilova , P. Ma, Y. Xue, N. Coquelle, J. D. Haller, T. Yuwen, I. Ayala, A. Hessel, J. Woodhouse, O. Mikhailovskii, D. Willbold, J. Colletier, N. R. Skrynnikov, P. Schanda «Dynamics in protein crystals: insights from MD simulations complement new solid-state NMR and X-ray data» The FEBS Journal 283 (Suppl. 1), 237 (2016).
DOI: 10.1111/febs.13808
Tags: Измайлов, Рогачева, Скрынников
Gordon Research Conference on Diffraction Methods
Опубликовано: 17.07.2016
Николай Скрынников представил доклад “Motions of Protein Molecules Within the Crystalline Lattice” на конференции “Gordon Research Conference on Diffraction Methods“, Bates College, Мэн, США, 17-22 июля, 2016.
Tags: Скрынников
XXXVIII Finnish NMR Symposium
Опубликовано: 13.06.2016
Н.Р Скрынников, И.С. Подкорытов, С.А. Измайлов, О.Н. Рогачева, К. Кемпф и С.О. Рабдано приняли участие в конференции XXXVIII Finnish NMR Symposium, Ювяскюля, Финляндия.
Н.Р. Скринников представил лекцию «Dynamics in Protein Crystals: Insights From MD Simulations Complement New Solid-State NMR And X-Ray Data».
Керстин представила устный доклад “Local and global dynamics of intrinsically disordered proteins: a case study of H4 histone tail“.
И.С. Подкорытов представил постер “Diffusion-filtered experiment to detect flexible portion of protein chain in amyloid fibrils: application to Sup35NM“.
С.А. Измайлов представил постер “Simple MD-based model for oxidative folding of peptides and proteins”.
О.Н. Рогачева представила постер “Using molecular dynamics simulation and chemical shift prediction to unravel dynamics in different crystal forms of ubiquitin”.
С.О. Рабдано представил постер “Loss of protein stability due to formation of intermolecular disulfide bonds under the effect of oxidative stress: case study of the RRM2 domain from neuropathological protein TDP-43”.
Tags: Измайлов, Кемпф, Подкорытов, Рабдано, Рогачева, Скрынников, Финляндия, Ювяскюля