Here, we present the new crystallography module xray, released as a part of the Amber 2023 package.
Oleg Mikhailovskii, Sergei A. Izmailov, Yi Xue, David A. Case, and Nikolai R. Skrynnikov
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.3c01531
(далее…)Tags: Измайлов, Михайловский, Скрынников
Olga O Lebedenko, Vladislav A Salikov, Sergei A Izmailov, Ivan S Podkorytov, Nikolai R Skrynnikov
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0006349523007208
(далее…)Tags: Измайлов, Лебеденко, Подкорытов, Саликов, Скрынников
D.A. Case, H.M. Aktulga, K. Belfon, I.Y. Ben-Shalom, J.T. Berryman, S.R. Brozell, D.S. Cerutti, T.E. Cheatham, III, G.A. Cisneros, V.W.D. Cruzeiro, T.A. Darden, R.E. Duke, G. Giambasu, M.K. Gilson, H. Gohlke, A.W. Goetz, R. Harris, S. Izadi, S.A. Izmailov, K. Kasavajhala, M.C. Kaymak, E. King, A. Kovalenko, T. Kurtzman, T.S. Lee, S. LeGrand, P. Li, C. Lin, J. Liu, T. Luchko, R. Luo, M. Machado, V. Man, M. Manathunga, K.M. Merz, Y. Miao, O. Mikhailovskii, G. Monard, H. Nguyen, K.A. O’Hearn, A. Onufriev, F. Pan, S. Pantano, R. Qi, A. Rahnamoun, D.R. Roe, A. Roitberg, C. Sagui, S. Schott-Verdugo, A. Shajan, J. Shen, C.L. Simmerling, N.R. Skrynnikov, J. Smith, J. Swails, R.C. Walker, J. Wang, J. Wang, H. Wei, R.M. Wolf, X. Wu, Y. Xiong, Y. Xue, D.M. York, S. Zhao, and P.A. Kollman
https://ambermd.org/doc12/Amber22.pdf
(далее…)Tags: Mikhailovskii, Yi Xue, Измайлов, Скрынников
29 сентября 2021 успешно прошла защита диссертации Сергеея Измайлова «Разработка и приложение алгоритмов молекулярной динамики и спиновой динамики в исследованиях полипептидных цепей: от неупорядоченных пептидов к кристаллическим белкам». Специальность 05.13.18 — Математическое моделирование, численные методы и комплексы программ.
Tags: Измайлов
О лаборатории биомолекулярного ЯМР СПбГУ были опубликованы две статьи в журнале “Санкт-Петербургский университет” №4 (3930) 31 июня 2021.
В первой статье мы рассказали журналистам о новом способе распознавания спектральных сигналов амилоидных фибрилл, который поможет лучше разобраться в механизме нейродегенеративных заболеваний.
Во второй статье мы рассказали журналистам о лаборатории, целях, задачах и планах на будущее. Лаборатории биомолекулярного ЯМР СПбГУ почти восемь лет.
Tags: Измайлов, Лебеденко, Лузик, Михайловский, Подкорытов, Рогачева, Саликов, Скрынников, Харьков
Ольга Лебеденко, Владислав Саликов, Дмитрий Лузик и Сергей Измайлов приняли участие в конференции.
Ольга выступила с постерным докладом «Benchmarking MD Models of Disordered Proteins using NMR Data on Translational Diffusion».
Владислав выступил с постерным докладом «Diffusion NMR Measurements: What can we Learn about the Compactness of Disordered Proteins?».
Дмитрий выступил с постерным докладом «How Effective are Retro-Inverso Peptides? Insights from MD Supported by Paramagnetic NMR Data».
Сергей выступил с постерным докладом «How accurate are PRE-derived distances? Combined MD and experimental study of spin-labeled GB1 domain».
Конференция прошла 22-26 февраля 2021 г. в онлайн-формате.
Sevastyan O. Rabdano, Matthew D. Shannon, Sergei A. Izmailov, Nicole Gonzalez Salguero, Mohamad Zandian, Rudra N. Purusottam, Michael G. Poirier, Nikolai R. Skrynnikov and Christopher P. Jaroniec
https://doi.org/10.1002/anie.202012046
(далее…)Tags: Измайлов, Рабдано, Скрынников
Совместно с лабораторией Yi Xue (Университет Цинхуа) выигран грант РНФ «На пути к улучшению белковых структур: совместное использование данных рентгеновской дифракции и МД моделей белковых кристаллов» (21-44-00033). Грант выигран в рамках конкурса «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований международными научными коллективами» (совместно с Государственным фондом естественных наук Китая — NSFC).
Обновлено (28 декабря 2020): Новость на сайте СПбГУ
Tags: Измайлов, Михайловский, Рогачева, Скрынников
Izmailov, S.A, Rabdano, S.O., Hasanbasri, Z., Podkorytov, I.S., Saxena, S., Skrynnikov, N.R. Structural and dynamic origins of ESR lineshapes in spin-labeled GB1 domain: the insights from spin dynamics simulations based on long MD trajectories. Scientific Reports 2020.
DOI: 10.1038/s41598-019-56750-y
Tags: Измайлов, Подкорытов, Рабдано, Скрынников
Luzik, D.A., Rogacheva, O.N., Izmailov, S.A., Indeykina, M.I., Kononikhin, A.S., Skrynnikov, N.R. Molecular Dynamics model of peptide-protein conjugation: case study of covalent complex between Sos1 peptide and N-terminal SH3 domain from Grb2. Scientific Reports 2019, 9(1).
DOI: 10.1038/s41598-019-56078-7
Tags: Измайлов, Лузик, Рогачева, Скрынников
