|
Лаборатория биомолекулярного ЯМР |
O. N. Rogacheva , S. A. Izmailov , V. Kurauskas , A. Shilova , P. Ma, Y. Xue, N. Coquelle, J. D. Haller, T. Yuwen, I. Ayala, A. Hessel, J. Woodhouse, O. Mikhailovskii, D. Willbold, J. Colletier, N. R. Skrynnikov, P. Schanda «Dynamics in protein crystals: insights from MD simulations complement new solid-state NMR and X-ray data» The FEBS Journal 283 (Suppl. 1), 237 (2016).
DOI: 10.1111/febs.13808
Тэги: Измайлов, Рогачева, Скрынников
Николай Скрынников представил доклад “Motions of Protein Molecules Within the Crystalline Lattice” на конференции “Gordon Research Conference on Diffraction Methods“, Bates College, Мэн, США, 17-22 июля, 2016.
Тэги: Скрынников
Н.Р Скрынников, И.С. Подкорытов, С.А. Измайлов, О.Н. Рогачева, К. Кемпф и С.О. Рабдано приняли участие в конференции XXXVIII Finnish NMR Symposium, Ювяскюля, Финляндия.
Н.Р. Скринников представил лекцию «Dynamics in Protein Crystals: Insights From MD Simulations Complement New Solid-State NMR And X-Ray Data».
Керстин представила устный доклад “Local and global dynamics of intrinsically disordered proteins: a case study of H4 histone tail“.
И.С. Подкорытов представил постер “Diffusion-filtered experiment to detect flexible portion of protein chain in amyloid fibrils: application to Sup35NM“.
С.А. Измайлов представил постер “Simple MD-based model for oxidative folding of peptides and proteins”.
О.Н. Рогачева представила постер “Using molecular dynamics simulation and chemical shift prediction to unravel dynamics in different crystal forms of ubiquitin”.
С.О. Рабдано представил постер “Loss of protein stability due to formation of intermolecular disulfide bonds under the effect of oxidative stress: case study of the RRM2 domain from neuropathological protein TDP-43”.
Тэги: Измайлов, Кемпф, Подкорытов, Рабдано, Рогачева, Скрынников, Финляндия, Ювяскюля
Мы изучили динамику в двух формах кристаллов убиквитина (PDB 3ONS и 3N30) с особым акцентом на (i) конформационный обмен между β-поворотами типа I и II в последоватлености 51-54 и (ii) качательную динамику, где белковые молекулы целиком слегка переориентируются внутри кристаллической решетки. Экспериментально оба динамических процесса были охарактеризованы дисперсией релаксации с использованием твердотельных ЯМР методик. Процессы показывают похожие или одинаковые характеристические времена (десятки микросекунд) в кристаллах 3N30. Это наводит на вопрос: «является ли это просто совпадением или напротив два этих динамических процесса согласованы?» Для того, чтобы ответить на этот вопрос мы выполнили МД моделирование кристаллов 3ONS и 3N30. Для количественного анализа качательного движения мы использовали временные корреляционные функции.
МД моделирование кристаллов позволяет понять качательное движение. Мы показали, что кристалл 3N30 склонен к раскачиванию, и наблюдали слабую связь между качательным движением и обменом βI↔βII. Наши данные также подкреплены данными рентгеновской кристаллографии и твердотельного ЯМР и, по всей видимости, являются весьма точным в объяснении баланса населенностей различных конформаций.
Тэги: Измайлов, Рогачева, Скрынников, Убиквитин
http://kpfu.ru/science/konferencii/magnitnyj-rezonans-ot-fundamentalnyh-issledovanij/fotogalereya
Николай и Керстин приняли участие в международном симпозиуме “Magnetic Resonance: from fundamental research to practical applications” в Казани, 21-23 апреля, 2016 г.
Керстин представила постер “Local and global dynamics of disordered proteins via the combination of temperature-dependent NMR spin relaxation measurements and MD simulations: a case study of H4 histone tail”. За постерный доклад она была награждена в одной из номанаций.
Николай представил лекцию “Dynamics in protein crystals: insights from MD simulations complement new ssNMR and x-ray data”.
Тэги: Казань, Кемпф, Скрынников
57th Experimental Nuclear Magnetic Resonance Conference (ENC), Pittsburgh PA, 10-15 Apr 2016
Николай Скрынников представил доклад “Dynamics in protein crystals: insights from MD simulations complement new ssNMR and X-ray data” на 57-й конференции «Experimental Nuclear Magnetic Resonance Conference (ENC)», Питтсбург, Пенсильвания, 10-15 апреля, 2016.
Тэги: ENC, Скрынников
Севастьян Рабдано и Сергей Измайлов приняли участие конференции Biophysical Society 60th annual meeting, Лос-Анджелес, Калифорния, США. Они представили результаты по проектам RRM2 и Guanylin oxidative folding.
Севастьян представил постер “Loss of protein stability due to formation of intermolecular disulfide bonds under the effect of oxidative stress: case study of the RRM2 domain from neuropathological protein TDP-43”.
Сергей представил постер «MD Modeling of Oxidative Folding in Peptides and Proteins».
Второй мутант RRM2 был впервые экспрессирован и очищен в лаборатории. Будут проведеныЯМР иследования роли второго цистеина RRM2.
Тэги: RRM2
Севастьян Рабдано и Юлия Пивоварова прошли обучение в двух недельном курсе по клонирования в Московском государственном университете, организованном Анной Головиной в лаборатории Ольги Донцовой (Институт Физико-Химической биологии имени А.Н. Белозерского). На курсе они научились выполнять клонирование конструкций ДНК в экспрессионные векторы, включая такие операции как ДНК электрофорез, экстракция ДНК, ПЦР и рестрикционный анализ.
Севастьян представил доклад о проектах лаборатории биомолекулярного ЯМР на еженедельном семинаре группы.
Тэги: Пивоварова, Рабдано
