• Русский
  • English

Записи с тэгом ‘Скрынников’

Опубликовано: 20.01.2017

srep40217-f8

Tyuryaeva, I. I., Lyublinskaya, O. G., Podkorytov, I. S. & Skrynnikov, N. R. «Origin of anti-tumor activity of the cysteine-containing GO peptides and further optimization of their cytotoxic properties» Scientific Reports 7, 40217 (2017).

DOI: 10.1038/srep40217

(далее…)

Tags: , , ,

Экспертный совет NIH

Опубликовано: 15.11.2016

Picture5

Николай Скрынников участвовал в экспертном совете NIH, Вашингтон, США, 15-17 ноября, 2016.

Tags:

Chicago Areа NMR Discussion Group (CANMRDG)

Опубликовано: 05.11.2016

Picture4

Николай Скрынников организовал конференцию на 120 участников «Chicago Areа NMR Discussion Group (CANMRDG)», Милуоки, США, 5 ноября, 2016.

Tags:

Dynamics in protein crystals: insights from MD simulations complement new solid-state NMR and X-ray data

Опубликовано: 03.09.2016

O. N. Rogacheva , S. A. Izmailov , V. Kurauskas , A. Shilova , P. Ma, Y. Xue, N. Coquelle, J. D. Haller, T. Yuwen, I. Ayala, A. Hessel, J. Woodhouse, O. Mikhailovskii, D. Willbold, J. Colletier, N. R. Skrynnikov, P. Schanda «Dynamics in protein crystals: insights from MD simulations complement new solid-state NMR and X-ray data» The FEBS Journal 283 (Suppl. 1), 237 (2016).

DOI: 10.1111/febs.13808

(далее…)

Tags: , ,

Gordon Research Conference on Diffraction Methods

Опубликовано: 17.07.2016

Pictur32

Николай Скрынников представил доклад “Motions of Protein Molecules Within the Crystalline Lattice” на конференции “Gordon Research Conference on Diffraction Methods“, Bates College, Мэн, США, 17-22 июля, 2016.

Tags:

XXXVIII Finnish NMR Symposium

Опубликовано: 13.06.2016

Finnish NMR symposium

Н.Р Скрынников, И.С. Подкорытов, С.А. Измайлов, О.Н. Рогачева, К. Кемпф и С.О. Рабдано приняли участие в конференции XXXVIII Finnish NMR Symposium, Ювяскюля, Финляндия.

Н.Р. Скринников представил лекцию «Dynamics in Protein Crystals: Insights From MD Simulations Complement New Solid-State NMR And X-Ray Data».

Керстин представила устный доклад “Local and global dynamics of intrinsically disordered proteins: a case study of H4 histone tail“.

И.С. Подкорытов представил постер “Diffusion-filtered experiment to detect flexible portion of protein chain in amyloid fibrils: application to Sup35NM“.

С.А. Измайлов представил постер “Simple MD-based model for oxidative folding of peptides and proteins”.

О.Н. Рогачева представила постер “Using molecular dynamics simulation and chemical shift prediction to unravel dynamics in different crystal forms of ubiquitin”.

С.О. Рабдано представил постер “Loss of protein stability due to formation of intermolecular disulfide bonds under the effect of oxidative stress: case study of the RRM2 domain from neuropathological protein TDP-43”.

Tags: , , , , , , ,

Динамика в белковых кристаллах

Опубликовано: 01.06.2016

Мы изучили динамику в двух формах кристаллов убиквитина (PDB 3ONS и 3N30) с особым акцентом на (i) конформационный обмен между β-поворотами типа I и II в последоватлености 51-54 и (ii) качательную динамику, где белковые молекулы целиком слегка переориентируются внутри кристаллической решетки. Экспериментально оба динамических процесса были охарактеризованы дисперсией релаксации с использованием твердотельных ЯМР методик. Процессы показывают похожие или одинаковые характеристические времена (десятки микросекунд) в кристаллах 3N30. Это наводит на вопрос: «является ли это просто совпадением или напротив два этих динамических процесса согласованы?» Для того, чтобы ответить на этот вопрос мы выполнили МД моделирование кристаллов 3ONS и 3N30. Для количественного анализа качательного движения мы использовали временные корреляционные функции.

screen-shot-2016-09-07-at-23-49-51

 

МД моделирование кристаллов позволяет понять качательное движение. Мы показали, что кристалл 3N30 склонен к раскачиванию, и наблюдали слабую связь между качательным движением и обменом βI↔βII. Наши данные также подкреплены данными рентгеновской кристаллографии и твердотельного ЯМР и, по всей видимости, являются весьма точным в объяснении баланса населенностей различных конформаций.

Tags: , , ,

Международный симпозиум “Magnetic resonance: from fundamental research to practical applications” в Казани

Опубликовано: 23.04.2016

Kazan conference

http://kpfu.ru/science/konferencii/magnitnyj-rezonans-ot-fundamentalnyh-issledovanij/fotogalereya

Николай и Керстин приняли участие в международном симпозиуме “Magnetic Resonance: from fundamental research to practical applications” в Казани, 21-23 апреля, 2016 г.
Керстин представила постер “Local and global dynamics of disordered proteins via the combination of temperature-dependent NMR spin relaxation measurements and MD simulations: a case study of H4 histone tail”. За постерный доклад она была награждена в одной из номанаций.

Николай представил лекцию “Dynamics in protein crystals: insights from MD simulations complement new ssNMR and x-ray data”.

Tags: , ,

Dynamics in protein crystals: insights from MD simulations complement new ssNMR and x-ray data

Опубликовано: 10.04.2016

57th Experimental Nuclear Magnetic Resonance Conference (ENC), Pittsburgh PA, 10-15 Apr 2016

Picture2

Николай Скрынников представил доклад “Dynamics in protein crystals: insights from MD simulations complement new ssNMR and X-ray data” на 57-й конференции «Experimental Nuclear Magnetic Resonance Conference (ENC)», Питтсбург, Пенсильвания, 10-15 апреля, 2016.

Tags: ,

XII Международный семинар по магнитному резонансу, Ростов-на-Дону

Опубликовано: 02.03.2015

Сергей Измайлов, Севастьян Рабдано, Иван Подкорытов и Николай Скрынников приняли участие в конференции “XII Международный семинар по магнитному резонансу (Спектроскопия, томография и экология)”, Ростов-на-Дону, 2-7 марта, 2015 г.

Николай Скрынников представил лекцию “Probing protein dynamics by NMR experiments and MD simulations”.

Севастьян представил устный доклад “Destabilization of RNA-Recognition Motif RRM2 In Proteinopathic Protein TDP-43 Under the Effect of Oxidative Stress”.

Сергей Измайлов представил постер «Моделирование фолдинга цистеинсодержащего пептида гуанилина с образование дисульфидных связей методом молекулярной динамики».

Tags: , , ,