• Русский
  • English

Записи с тэгом ‘Саликов’

Using NMR diffusion data to validate MD models of disordered proteins: Test case of N-terminal tail of histone H4

Опубликовано: 20.11.2023
Here, we investigate, both experimentally and via the MD modeling, the translational diffusion of a 25-residue N-terminal fragment from histone H4 (N-H4).

Olga O Lebedenko, Vladislav A Salikov, Sergei A Izmailov, Ivan S Podkorytov, Nikolai R Skrynnikov

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0006349523007208

(далее…)

Tags: , , , ,

Modern development of magnetic resonance 2021

Опубликовано: 05.11.2021

 

В этом году на первой доступной нам очной конференции приняли участие несколько человек из нашей лаборатории.

Николай Скрынников выступил с приглашённым докладом «Structural and Dynamic Origins of ESR Lineshapes in Spin-Labeled GB1 Domain: the Insights from Experiments and Spin Dynamics Simulations Based on MD Trajectories». Помимо этого, Николай участвовал в качестве председателя на сессии Chemical and Biological Systems (5 ноября 2021 г.).

Ольга Лебеденко выступила с постерным докладом «Validating MD Models of Disordered Proteins Using NMR Data on Translational Diffusion».

Владислав Саликов выступил с постерным докладом «Improved Processing Scheme for Diffusion NMR Data Implemented in Web Server DDfit».

Борис Харьков выступил с устным докладом «The Role of Rotation in Diffusion NMR Experiments on Supramolecular Assemblies».

Конференция прошла в Казани 1-5 ноября 2021 г. в смешанном формате. Тезисы доступны онлайн.

Tags: , , ,

Статья в журнале «Наука и жизнь»

Опубликовано: 15.07.2021

В журнале «Наука и жизнь» №7 от 2021 вышла статья «Амилоидные образования отделили от мусора», оснванная на пресс-релизе СПбГУ статьи The Role of Rotational Motion in Diffusion NMR Experiments on Supramolecular Assemblies: Application to Sup35NM Fibrils.

Tags: , , ,

Статьи «Лови вращение», «В магнитном поле возможностей»

Опубликовано: 30.06.2021
Обложка журнала «Санкт-Петербургский университет» №4 31 июня 2021

О лаборатории биомолекулярного ЯМР СПбГУ были опубликованы две статьи в журнале “Санкт-Петербургский университет” №4 (3930) 31 июня 2021.

В первой статье мы рассказали журналистам о новом способе распознавания спектральных сигналов амилоидных фибрилл, который поможет лучше разобраться в механизме нейродегенеративных заболеваний.

Во второй статье мы рассказали журналистам о лаборатории, целях, задачах и планах на будущее. Лаборатории биомолекулярного ЯМР СПбГУ почти восемь лет. 

Tags: , , , , , , , ,

Университетский пресс-релиз о появлении статьи в Angewandte о новой теории диффузионных экспериментов ЯМР для изучения амилоидных фибрилл

Опубликовано: 26.05.2021
Электронный микрограф фибрилл Sup35NM. Данные получены в ресурсном центре «Развитие молекулярных и клеточных технологий» Научного парка СПбГУ.

26 мая 2021 вышел университетский пресс-релиз, посвященный исследованию фибрилл. Коллектив лаборатории создал новую теорию о диффузионных экспериментах ЯМР для изучения амилоидных фибрилл — ключевых факторов, провоцирующих различные формы деменции, включая болезнь Альцгеймера.  Статья с результатами исследования опубликована в одном из самых престижных научных журналов по химии Angewandte Chemie.

(далее…)

Tags: , , ,

Заметка об исследовании фибрилл на сайте Минобрнауки России

Опубликовано: 25.05.2021

На сайте министерства образования и науки РФ (minobrnauki.gov.ru) была опубликована новость о наших исследованиях диффузии фибрилл. «Ученые из Санкт-Петербургского государственного университета (СПбГУ) опровергли выдвинутый оксфордскими коллегами тезис о «диффузионном фильтре» и фактически создали новую теорию диффузионного эксперимента ядерного магнитного резонанса (ЯМР), что в будущем может помочь найти лечение от деменции.»

Полная версия представлена в источнике.

Tags: , , ,

The Role of Rotational Motion in Diffusion NMR Experiments on Supramolecular Assemblies: Application to Sup35NM Fibrils

Опубликовано: 23.04.2021

Dr. Boris B. Kharkov, Ivan S. Podkorytov, Dr. Stanislav A. Bondarev, Dr. Mikhail V. Belousov, Vladislav A. Salikov, Prof. Dr. Galina A. Zhouravleva, Prof. Dr. Nikolai R. Skrynnikov

https://doi.org/10.1002/anie.202102408

(далее…)

Tags: , , ,

Biophysical Society 65th Annual Meeting 2021

Опубликовано: 26.02.2021

Ольга Лебеденко, Владислав Саликов, Дмитрий Лузик и Сергей Измайлов приняли участие в конференции.

Ольга выступила с постерным докладом «Benchmarking MD Models of Disordered Proteins using NMR Data on Translational Diffusion».

Владислав выступил с постерным докладом «Diffusion NMR Measurements: What can we Learn about the Compactness of Disordered Proteins?».

Дмитрий выступил с постерным докладом «How Effective are Retro-Inverso Peptides? Insights from MD Supported by Paramagnetic NMR Data».

Сергей выступил с постерным докладом «How accurate are PRE-derived distances? Combined MD and experimental study of spin-labeled GB1 domain».

Конференция прошла 22-26 февраля 2021 г. в онлайн-формате.

Tags: , , ,

15-th International School-Conference Magnetic resonance and its applications Spinus 2018

Опубликовано: 01.04.2018

Сергей Измайлов, Севастьян Рабдано, Николай Скрынников, Борис Харьков и Владислав Саликов приняли участие в 15-й международной школе-конференции «Магнитный резонанс и его приложения, Spinus» прошедшей 1-6 апреля 2018 г.

Сергей Измайлов представил доклад «EPR spectra simulation from MD data using Redfield theory and direct propagation method».

Севастьян Рабдано представил доклад «Dynamic modes in spin-labeled protein revealed by MD simulations: experimental and computed EPR spectra».

Николай Скрынников представил лекцию «Many faces of disulfide bond».

Борис Харьков представил доклад «Skin-Effect Compensated Optimal Control Pulses for Excitation in a Conductive Medium».

Владислав Саликов представил постер «Optimization of bacterial expression of MdmX N-terminal domain for NMR studies».

Tags: , , , ,

Турнир естественных наук

Опубликовано: 18.11.2017

Турнир естественных наук — это междисциплинарные командные соревнования по решению прикладных научных задач в области химии, физики, биологии, медицины и инженерных наук. В 2017 году команда Генезис в составе Владислава Саликова (капитан), Александры Кушнаревой, Ивана Шершнёва, Ирины Гатауллиной и Марии Ивановой приняла участие в VIII Турнире естественных наук, прошедшим в период с 14 по 18 ноября. На протяжении месяца до турнира команда работала над решением 8 из 10 научно-технических задач, большая часть из которых была посвящена медицине, например, поиск ингибитора локализованного в ядре белка; разработка метода стимулирования микроглии с целью борьбы с болезнью Альцгеймера; разработка системы трансдермальной терапии социально-значимого заболевания. Кроме медицинской направленности, были даны задачи из области физики, например, задача по преобразованию энергии тела человека в электрическую, с тем чтобы решить проблему автономности носимых устройств. Все решения оформлены в виде мультимедийных презентаций, два из четырех представленных на очном этапе турнира получили наивысшую оценку жюри. Команда была создана в 2016 году и продолжила свой путь в 2017, поднявшись с 11 на 5 место в общем командном зачете финального этапа.

Tags: