• Русский
  • English

Записи с тэгом ‘Рабдано’

Керстин и Севастьян выполнили отнесение для хвоста H4

Опубликовано: 21.05.2016

 

H4-tail assignment

Керстин Кемпф и Севастьян Рабдно выполнили отнесение сигналов 1H, 15N and 13C основной цепи хвоста белка H4. Отнесение было сделано с помощью стандартного набора экспериментов тройного резонанса (HNCO, HNcaCO, HNCA, HNcoCA, CBCANH и CBCAcoNH).

Tags: , ,

Biophysical Society 60th annual meeting

Опубликовано: 25.02.2016

Biophysical Society 60th annual meeting

Севастьян Рабдано и Сергей Измайлов приняли участие конференции Biophysical Society 60th annual meeting, Лос-Анджелес, Калифорния, США. Они представили результаты по проектам RRM2 и Guanylin oxidative folding.

Севастьян представил постер “Loss of protein stability due to formation of intermolecular disulfide bonds under the effect of oxidative stress: case study of the RRM2 domain from neuropathological protein TDP-43”.

Сергей представил постер «MD Modeling of Oxidative Folding in Peptides and Proteins».

Tags: ,

Практический курс «Стратегии клонирования»

Опубликовано: 01.12.2015

photo024

Севастьян Рабдано и Юлия Пивоварова прошли обучение в двух недельном курсе по клонирования в Московском государственном университете, организованном Анной Головиной в лаборатории Ольги Донцовой (Институт Физико-Химической биологии имени А.Н. Белозерского). На курсе они научились выполнять клонирование конструкций ДНК в экспрессионные векторы, включая такие операции как ДНК электрофорез, экстракция ДНК, ПЦР и рестрикционный анализ.

Севастьян представил доклад о проектах лаборатории биомолекулярного ЯМР на еженедельном семинаре группы.

Tags: ,

Конференция Spinus 2015

Опубликовано: 15.11.2015

img_9846

Севастьян принял участие в конференции “Magnetic resonance and its applications”, Санкт-Петербург, Репино. Был представлен доклад “Последствия окислительного стресса для структуры и стабильности РНК-распознающего домена RRM2 белка TDP-43”.

За лучший устный доклад Севастьян был награжден гланым призом, который был спонсирован Uwe и Barabara Eichhoff.

Tags:

«Hydration Shells» of CH2 Groups of ω-Amino Acids as Studied by Deuteron NMR Relaxation

Опубликовано: 22.10.2015

srnlmobrvo

Rabdano, S.O., Donets, A.V., Vovk, M.A., Michel, D., Chizhik, V.I., 2015. “Hydration Shells” of CH 2 Groups of ω-Amino Acids as Studied by Deuteron NMR Relaxation. The Journal of Physical Chemistry B 119, 13358–13366 (2015).
DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b06584

(далее…)

Tags:

XII Международный семинар по магнитному резонансу, Ростов-на-Дону

Опубликовано: 02.03.2015

Сергей Измайлов, Севастьян Рабдано, Иван Подкорытов и Николай Скрынников приняли участие в конференции “XII Международный семинар по магнитному резонансу (Спектроскопия, томография и экология)”, Ростов-на-Дону, 2-7 марта, 2015 г.

Николай Скрынников представил лекцию “Probing protein dynamics by NMR experiments and MD simulations”.

Севастьян представил устный доклад “Destabilization of RNA-Recognition Motif RRM2 In Proteinopathic Protein TDP-43 Under the Effect of Oxidative Stress”.

Сергей Измайлов представил постер «Моделирование фолдинга цистеинсодержащего пептида гуанилина с образование дисульфидных связей методом молекулярной динамики».

Tags: , , ,

EMBO курс “Multidimensional NMR in Structural Biology”

Опубликовано: 10.08.2014

EMBO course

Севастьян Рабдано принял участие в курсе EMBO Multidimensional NMR in Structural Biology, который был организован R. Boelens, C. Griesinger и H. Oschkinat в Берлине. Вместе с 35 отобранными аспирантами он изучил новейшие методики в биомолекулярном ЯМР. Темы, которые обсуждались на лекциях приведены ниже:

  • Теория ЯМР (формализм матрицы плотности)
  • Импульсные последовательсности с использованием импульсных градиентов
  • Многомерный и многоядерный ЯМР
  • Методы спектрального отнесения
  • Частичное выравнивание биомолекул
  • Теория релаксации и динамика
  • Расчет структуры белков и вычислительные методы
  • Экспрессия белков и изотопное меченье
  • Твердотельный ЯМР
  • Методы усиления ЯМР сигналов (гиперполяризация и динамическая ядерная поляризация)

На постерной сесси Севастьян представил результаты работы над проектом RRM2. Название доклада было  “RNA‐recognition motif RRM2 in TDP-43: oxidative stress leads to conformational change, proteolysis, formation of inclusion bodies, and neurodegenerative disease”.

Tags:

Конференция NMRCM 2014

Опубликовано: 07.07.2014

Сотрудники лаборатории приняли активное участие в конференции Nuclear Magnetic Resonance in Condenced Matter “Biomolecular NMR and related phenomena”, Санкт-Петербург, 7-11 июля, 2014.

NMRCM logo

Н.Р. Скрынников представил лекцию

  • T. Yuwen, Yi Xue, F. Zhu and N.R. Skrynnikov Modeling a system with intrinsic disorder: an NMR/MD study of peptide-protein encounter complex.

С.О. Рабдано представил устный доклад

  • The study of hydration properties of functional groups of glycine and beta- alanine amino acids by nuclear magnetic resonance and quantum chemical calculations.

Все сотрудники лаборатории участвовали в обсуждении лекций, устных и постерных докладов на конференции NMRCM 2014.

Tags: ,

Изучение свойств гидратации функциональных групп аминокислот глицина и бета-аланина по данным ядерного магнитного резонанса и квантово-химических расчетов

Опубликовано: 10.06.2014

Севастьян Рабдано защитил магистерскую диссертацию «Изучение свойств гидратации функциональных групп аминокислот глицина и бета-аланина по данным ядерного магнитного резонанса и квантово-химических расчетов».

Tags:

1H, 13C, 15N химические сдвиги RRM2

Опубликовано: 31.05.2014

2 мая 2014 года в репозитории Biological Magnetic Resonance Data Bank было опубликовано отнесение химических сдвигов 1H, 13C и 15N домена RRM2 белка TDP-43.

Авторы: Rabdano, Sevastyan; Podkorytov, Ivan; Yuwen, Tairan; Groves, Adam; Chamberlain, Kyle; Yakimov, Alexander; Skrynnikov, Nikolai.

BMRB 19922

Tags: , , , ,