• Русский
  • English

Записи с тэгом ‘Рабдано’

XXXVIII Finnish NMR Symposium

Опубликовано: 13.06.2016

Finnish NMR symposium

Н.Р Скрынников, И.С. Подкорытов, С.А. Измайлов, О.Н. Рогачева, К. Кемпф и С.О. Рабдано приняли участие в конференции XXXVIII Finnish NMR Symposium, Ювяскюля, Финляндия.

Н.Р. Скринников представил лекцию «Dynamics in Protein Crystals: Insights From MD Simulations Complement New Solid-State NMR And X-Ray Data».

Керстин представила устный доклад “Local and global dynamics of intrinsically disordered proteins: a case study of H4 histone tail“.

И.С. Подкорытов представил постер “Diffusion-filtered experiment to detect flexible portion of protein chain in amyloid fibrils: application to Sup35NM“.

С.А. Измайлов представил постер “Simple MD-based model for oxidative folding of peptides and proteins”.

О.Н. Рогачева представила постер “Using molecular dynamics simulation and chemical shift prediction to unravel dynamics in different crystal forms of ubiquitin”.

С.О. Рабдано представил постер “Loss of protein stability due to formation of intermolecular disulfide bonds under the effect of oxidative stress: case study of the RRM2 domain from neuropathological protein TDP-43”.

Tags: , , , , , , ,

Керстин и Севастьян выполнили отнесение для хвоста H4

Опубликовано: 21.05.2016

 

H4-tail assignment

Керстин Кемпф и Севастьян Рабдно выполнили отнесение сигналов 1H, 15N and 13C основной цепи хвоста белка H4. Отнесение было сделано с помощью стандартного набора экспериментов тройного резонанса (HNCO, HNcaCO, HNCA, HNcoCA, CBCANH и CBCAcoNH).

Tags: , ,

Biophysical Society 60th annual meeting

Опубликовано: 25.02.2016

Biophysical Society 60th annual meeting

Севастьян Рабдано и Сергей Измайлов приняли участие конференции Biophysical Society 60th annual meeting, Лос-Анджелес, Калифорния, США. Они представили результаты по проектам RRM2 и Guanylin oxidative folding.

Севастьян представил постер “Loss of protein stability due to formation of intermolecular disulfide bonds under the effect of oxidative stress: case study of the RRM2 domain from neuropathological protein TDP-43”.

Сергей представил постер «MD Modeling of Oxidative Folding in Peptides and Proteins».

Tags: ,

Практический курс «Стратегии клонирования»

Опубликовано: 01.12.2015

photo024

Севастьян Рабдано и Юлия Пивоварова прошли обучение в двух недельном курсе по клонирования в Московском государственном университете, организованном Анной Головиной в лаборатории Ольги Донцовой (Институт Физико-Химической биологии имени А.Н. Белозерского). На курсе они научились выполнять клонирование конструкций ДНК в экспрессионные векторы, включая такие операции как ДНК электрофорез, экстракция ДНК, ПЦР и рестрикционный анализ.

Севастьян представил доклад о проектах лаборатории биомолекулярного ЯМР на еженедельном семинаре группы.

Tags: ,

Конференция Spinus 2015

Опубликовано: 15.11.2015

img_9846

Севастьян принял участие в конференции “Magnetic resonance and its applications”, Санкт-Петербург, Репино. Был представлен доклад “Последствия окислительного стресса для структуры и стабильности РНК-распознающего домена RRM2 белка TDP-43”.

За лучший устный доклад Севастьян был награжден гланым призом, который был спонсирован Uwe и Barabara Eichhoff.

Tags:

«Hydration Shells» of CH2 Groups of ω-Amino Acids as Studied by Deuteron NMR Relaxation

Опубликовано: 22.10.2015

srnlmobrvo

Rabdano, S.O., Donets, A.V., Vovk, M.A., Michel, D., Chizhik, V.I., 2015. “Hydration Shells” of CH 2 Groups of ω-Amino Acids as Studied by Deuteron NMR Relaxation. The Journal of Physical Chemistry B 119, 13358–13366 (2015).
DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b06584

(далее…)

Tags:

XII Международный семинар по магнитному резонансу, Ростов-на-Дону

Опубликовано: 02.03.2015

Сергей Измайлов, Севастьян Рабдано, Иван Подкорытов и Николай Скрынников приняли участие в конференции “XII Международный семинар по магнитному резонансу (Спектроскопия, томография и экология)”, Ростов-на-Дону, 2-7 марта, 2015 г.

Николай Скрынников представил лекцию “Probing protein dynamics by NMR experiments and MD simulations”.

Севастьян представил устный доклад “Destabilization of RNA-Recognition Motif RRM2 In Proteinopathic Protein TDP-43 Under the Effect of Oxidative Stress”.

Сергей Измайлов представил постер «Моделирование фолдинга цистеинсодержащего пептида гуанилина с образование дисульфидных связей методом молекулярной динамики».

Tags: , , ,

EMBO курс “Multidimensional NMR in Structural Biology”

Опубликовано: 10.08.2014

EMBO course

Севастьян Рабдано принял участие в курсе EMBO Multidimensional NMR in Structural Biology, который был организован R. Boelens, C. Griesinger и H. Oschkinat в Берлине. Вместе с 35 отобранными аспирантами он изучил новейшие методики в биомолекулярном ЯМР. Темы, которые обсуждались на лекциях приведены ниже:

  • Теория ЯМР (формализм матрицы плотности)
  • Импульсные последовательсности с использованием импульсных градиентов
  • Многомерный и многоядерный ЯМР
  • Методы спектрального отнесения
  • Частичное выравнивание биомолекул
  • Теория релаксации и динамика
  • Расчет структуры белков и вычислительные методы
  • Экспрессия белков и изотопное меченье
  • Твердотельный ЯМР
  • Методы усиления ЯМР сигналов (гиперполяризация и динамическая ядерная поляризация)

На постерной сесси Севастьян представил результаты работы над проектом RRM2. Название доклада было  “RNA‐recognition motif RRM2 in TDP-43: oxidative stress leads to conformational change, proteolysis, formation of inclusion bodies, and neurodegenerative disease”.

Tags:

Конференция NMRCM 2014

Опубликовано: 07.07.2014

Сотрудники лаборатории приняли активное участие в конференции Nuclear Magnetic Resonance in Condenced Matter “Biomolecular NMR and related phenomena”, Санкт-Петербург, 7-11 июля, 2014.

NMRCM logo

Н.Р. Скрынников представил лекцию

  • T. Yuwen, Yi Xue, F. Zhu and N.R. Skrynnikov Modeling a system with intrinsic disorder: an NMR/MD study of peptide-protein encounter complex.

С.О. Рабдано представил устный доклад

  • The study of hydration properties of functional groups of glycine and beta- alanine amino acids by nuclear magnetic resonance and quantum chemical calculations.

Все сотрудники лаборатории участвовали в обсуждении лекций, устных и постерных докладов на конференции NMRCM 2014.

Tags: ,

Изучение свойств гидратации функциональных групп аминокислот глицина и бета-аланина по данным ядерного магнитного резонанса и квантово-химических расчетов

Опубликовано: 10.06.2014

Севастьян Рабдано защитил магистерскую диссертацию «Изучение свойств гидратации функциональных групп аминокислот глицина и бета-аланина по данным ядерного магнитного резонанса и квантово-химических расчетов».

Tags: