• Русский
  • English

Записи с тэгом ‘Подкорытов’

FEBS congress, Jerusalem, Israel

Опубликовано: 14.09.2017

Иван Подкорытов, Севастьян Рабдано, Ольга Рогачева, Керстин Кемпф и Дмитрий Лузик участвовали в конгрессе FEBS в Иерусалиме, Израиль.

Керстин Кемпф представила устный доклад “Local and global dynamics of intrinsically disordered proteins: a case study of H4 histone tail”.

Иван Подкорытов представил постер “Detection of flexible portion of protein chain in Sup35NM amyloid fibrils by means of diffusion-filtered NMR experiment”.

Севастьян Рабдано представил постер “Characterizing the Size of Protein Aggregate Particles Using a Combination of NMR Diffusion Measurements and Dynamic Light Scattering: Case Study of RRM2 Domain from Protein TDP-43”.

Ольга Рогачева представила постер “New linear interaction between charged lysine side chain and carbonyl group in protein structures”.

Дмитрий Лузик представил постер “Non-native disulfide bridges in protein-peptide complex and in protein homodimers trigger unfolding and aggregation”.

Tags: , , , , , ,

Onset of disorder and protein aggregation due to oxidation-induced intermolecular disulfide bonds: case study of RRM2 domain from TDP-43

Опубликовано: 11.09.2017

Rabdano, S. O.; Izmailov, S. A.; Luzik, D. A.; Groves, A.; Podkorytov, I. S.; Skrynnikov, N. R. Onset of Disorder and Protein Aggregation due to Oxidation-Induced Intermolecular Disulfide Bonds: Case Study of RRM2 Domain from TDP-43. Scientific Reports 2017, 7 (1), 11161.

DOI: 10.1038/s41598-017-10574-w.

(далее…)

Tags: , , , ,

Characterizing the size of protein aggregate particles using a combination of NMR diffusion measurements and dynamic light scattering: case study of RRM2 domain from protein TDP-43

Опубликовано: 08.09.2017

Rabdano, S.; Podkorytov, I.; Luzik, D.; Skrynnikov, N. Characterizing the Size of Protein Aggregate Particles Using a Combination of NMR Diffusion Measurements and Dynamic Light Scattering: Case Study of RRM2 Domain from Protein TDP-43. The FEBS Journal 2017, 284 (Suppl. 1), 212.

DOI: 10.1111/febs.14174.

(далее…)

Tags: , , ,

Detection of flexible portion of protein chain in Sup35NM amyloid fibrils by means of diffusion-filtered NMR experiment

Опубликовано: 08.09.2017

Podkorytov, I. S.; Belousov, M.; Bondarev, S.; Kaempf, K.; Zhouravleva, G.; Dvinskikh, S. V.; Skrynnikov, N. R. Detection of Flexible Portion of Protein Chain in Sup35NM Amyloid Fibrils by Means of Diffusion-Filtered NMR Experiment. The FEBS Journal 2017, 284 (Suppl. 1), 215.

DOI: 10.1111/febs.14174.

(далее…)

Tags: , ,

Local and global dynamics of intrinsically disordered proteins: a case study of H4 histone tail

Опубликовано: 08.09.2017

Kaempf, K.; Rabdano, S. O.; Izmailov, S. A.; Groves, A.; Podkorytov, I. S.; Skrynnikov, N. R. Local and Global Dynamics of Intrinsically Disordered Proteins: A Case Study of H4 Histone Tail. The FEBS Journal 2017, 284 (Suppl. 1), 95.

DOI: 10.1111/febs.14171.
(далее…)

Tags: , , , ,

Simple MD-based model for oxidative folding of peptides and proteins

Опубликовано: 24.08.2017

Izmailov, S. A.; Podkorytov, I. S.; Skrynnikov, N. R. Simple MD-Based Model for Oxidative Folding of Peptides and Proteins. Scientific Reports 2017, 7 (1).

DOI: 10.1038/s41598-017-09229-7.

(далее…)

Tags: , ,

Конференция Института Трансляционной Биомедицины СПбГУ «Актуальные проблемы трансляционной биомедицины — 2017»

Опубликовано: 16.07.2017

dna-2358911.1961d33827f555101ee91d38be0ea3583237

15-16 июля 2017 года состоялась III ежегодная конференция Института Трансляционной Биомедицины СПбГУ «Актуальные проблемы трансляционной биомедицины — 2017». Конференция объединяет учёных ИТБМ всех направлений, а также приглашенных ученых, работающих в смежных областях, из Санкт-Петербурга, Москвы и из-за рубежа.

В конференции приняли участие Николай Скрынников, Иван Подкорытов, Дмитрий Лузик, Ольга Рогачева, Севастьян Рабдано, Сергей Измайлов, Али Шабан и Олег Михайловский.

Николай Скрынников представил лекцию “Обзор исследований в области экспериментальной биофизики, клеточной биологии и компьютерного моделирования, проводимых в Лаборатории биомолекулярного ЯМР СПбГУ”.

Иван Подкорытов представил постер “Применение ЯМР эксперимента с диффузионным фильтром для детектирования сигнала гибкой части амилоидных фибрилл Sup35NM”.

Дмитрий Лузик представил постер “Ковалентное связывание пептидного лиганда с SH2 доменом Fyn киназы и его последствия в виде агрегации и снижения структурной стабильности домена”.

Ольга Рогачева представила постер “Новое взаимодействие между группой NH3+ лизина и карбонилами основной цепи, дополняющее водородные связи”.

Севастьян Рабдано представил постер “Потеря структуры и агрегация белка при возникновении дисульфидных мостиков под воздействием окислительного стресса: пример домена RRM2 из нейропатологического белка TDP-43”.

Сергей Измайлов представил постер “Простая модель оксидативного сворачивания пептидов и белков в молекулярной динамике”.

Али Шабан представил постер “Библиотека Матлаб для аппроксимации сигналов в двумерных ЯМР спектрах”.

Tags: , , , , , ,

Опубликовано: 20.01.2017

srep40217-f8

Tyuryaeva, I. I., Lyublinskaya, O. G., Podkorytov, I. S. & Skrynnikov, N. R. «Origin of anti-tumor activity of the cysteine-containing GO peptides and further optimization of their cytotoxic properties» Scientific Reports 7, 40217 (2017).

DOI: 10.1038/srep40217

(далее…)

Tags: , , ,

XXXVIII Finnish NMR Symposium

Опубликовано: 13.06.2016

Finnish NMR symposium

Н.Р Скрынников, И.С. Подкорытов, С.А. Измайлов, О.Н. Рогачева, К. Кемпф и С.О. Рабдано приняли участие в конференции XXXVIII Finnish NMR Symposium, Ювяскюля, Финляндия.

Н.Р. Скринников представил лекцию «Dynamics in Protein Crystals: Insights From MD Simulations Complement New Solid-State NMR And X-Ray Data».

Керстин представила устный доклад “Local and global dynamics of intrinsically disordered proteins: a case study of H4 histone tail“.

И.С. Подкорытов представил постер “Diffusion-filtered experiment to detect flexible portion of protein chain in amyloid fibrils: application to Sup35NM“.

С.А. Измайлов представил постер “Simple MD-based model for oxidative folding of peptides and proteins”.

О.Н. Рогачева представила постер “Using molecular dynamics simulation and chemical shift prediction to unravel dynamics in different crystal forms of ubiquitin”.

С.О. Рабдано представил постер “Loss of protein stability due to formation of intermolecular disulfide bonds under the effect of oxidative stress: case study of the RRM2 domain from neuropathological protein TDP-43”.

Tags: , , , , , , ,

XII Международный семинар по магнитному резонансу, Ростов-на-Дону

Опубликовано: 02.03.2015

Сергей Измайлов, Севастьян Рабдано, Иван Подкорытов и Николай Скрынников приняли участие в конференции “XII Международный семинар по магнитному резонансу (Спектроскопия, томография и экология)”, Ростов-на-Дону, 2-7 марта, 2015 г.

Николай Скрынников представил лекцию “Probing protein dynamics by NMR experiments and MD simulations”.

Севастьян представил устный доклад “Destabilization of RNA-Recognition Motif RRM2 In Proteinopathic Protein TDP-43 Under the Effect of Oxidative Stress”.

Сергей Измайлов представил постер «Моделирование фолдинга цистеинсодержащего пептида гуанилина с образование дисульфидных связей методом молекулярной динамики».

Tags: , , ,