• Русский
  • English

Записи с тэгом ‘Подкорытов’

Using NMR diffusion data to validate MD models of disordered proteins: Test case of N-terminal tail of histone H4

Опубликовано: 20.11.2023
Here, we investigate, both experimentally and via the MD modeling, the translational diffusion of a 25-residue N-terminal fragment from histone H4 (N-H4).

Olga O Lebedenko, Vladislav A Salikov, Sergei A Izmailov, Ivan S Podkorytov, Nikolai R Skrynnikov

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0006349523007208

(далее…)

Tags: , , , ,

Effect of rotation in NMR diffusion experiments on micron-sized particles: A generalized theoretical treatment

Опубликовано: 17.11.2022
A theory is developed to describe the effect of particle rotation in PFG NMR experiments. The rotation can produce 1.5-fold or even greater acceleration of apparent diffusion rates. Large macromolecular assemblies always diffuse much more slowly than their constituent monomers.

Ivan S.Podkorytov, Nikolai R.Skrynnikov

https://doi.org/10.1016/j.jmr.2022.107303

(далее…)

Tags: ,

Статья в журнале «Наука и жизнь»

Опубликовано: 15.07.2021

В журнале «Наука и жизнь» №7 от 2021 вышла статья «Амилоидные образования отделили от мусора», оснванная на пресс-релизе СПбГУ статьи The Role of Rotational Motion in Diffusion NMR Experiments on Supramolecular Assemblies: Application to Sup35NM Fibrils.

Tags: , , ,

Статьи «Лови вращение», «В магнитном поле возможностей»

Опубликовано: 30.06.2021
Обложка журнала «Санкт-Петербургский университет» №4 31 июня 2021

О лаборатории биомолекулярного ЯМР СПбГУ были опубликованы две статьи в журнале “Санкт-Петербургский университет” №4 (3930) 31 июня 2021.

В первой статье мы рассказали журналистам о новом способе распознавания спектральных сигналов амилоидных фибрилл, который поможет лучше разобраться в механизме нейродегенеративных заболеваний.

Во второй статье мы рассказали журналистам о лаборатории, целях, задачах и планах на будущее. Лаборатории биомолекулярного ЯМР СПбГУ почти восемь лет. 

Tags: , , , , , , , ,

Университетский пресс-релиз о появлении статьи в Angewandte о новой теории диффузионных экспериментов ЯМР для изучения амилоидных фибрилл

Опубликовано: 26.05.2021
Электронный микрограф фибрилл Sup35NM. Данные получены в ресурсном центре «Развитие молекулярных и клеточных технологий» Научного парка СПбГУ.

26 мая 2021 вышел университетский пресс-релиз, посвященный исследованию фибрилл. Коллектив лаборатории создал новую теорию о диффузионных экспериментах ЯМР для изучения амилоидных фибрилл — ключевых факторов, провоцирующих различные формы деменции, включая болезнь Альцгеймера.  Статья с результатами исследования опубликована в одном из самых престижных научных журналов по химии Angewandte Chemie.

(далее…)

Tags: , , ,

Заметка об исследовании фибрилл на сайте Минобрнауки России

Опубликовано: 25.05.2021

На сайте министерства образования и науки РФ (minobrnauki.gov.ru) была опубликована новость о наших исследованиях диффузии фибрилл. «Ученые из Санкт-Петербургского государственного университета (СПбГУ) опровергли выдвинутый оксфордскими коллегами тезис о «диффузионном фильтре» и фактически создали новую теорию диффузионного эксперимента ядерного магнитного резонанса (ЯМР), что в будущем может помочь найти лечение от деменции.»

Полная версия представлена в источнике.

Tags: , , ,

The Role of Rotational Motion in Diffusion NMR Experiments on Supramolecular Assemblies: Application to Sup35NM Fibrils

Опубликовано: 23.04.2021

Dr. Boris B. Kharkov, Ivan S. Podkorytov, Dr. Stanislav A. Bondarev, Dr. Mikhail V. Belousov, Vladislav A. Salikov, Prof. Dr. Galina A. Zhouravleva, Prof. Dr. Nikolai R. Skrynnikov

https://doi.org/10.1002/anie.202102408

(далее…)

Tags: , , ,

Structural and dynamic origins of ESR lineshapes in spin-labeled GB1 domain: the insights from spin dynamics simulations based on long MD trajectories

Опубликовано: 22.01.2020

Izmailov, S.A, Rabdano, S.O., Hasanbasri, Z., Podkorytov, I.S., Saxena, S., Skrynnikov, N.R. Structural and dynamic origins of ESR lineshapes in spin-labeled GB1 domain: the insights from spin dynamics simulations based on long MD trajectories. Scientific Reports 2020.

DOI: 10.1038/s41598-019-56750-y

(далее…)

Tags: , , ,

Luminescent Complexes of the Trinuclear Silver(I) and Copper(I) Pyrazolates Supported with Bis(diphenylphosphino)methane

Опубликовано: 19.06.2019

Titov, A. A., Filippov, O. A., Smol’yakov, A. F., Godovikov, I. A., Shakirova, J. R., Tunik, S. P., Podkorytov, I. S. & Shubina, E. S. Luminescent Complexes of the Trinuclear Silver(I) and Copper(I) Pyrazolates Supported with Bis(diphenylphosphino)methane. Inorg. Chem. 58, 8645–8656 (2019).

DOI: 10.1021/acs.inorgchem.9b00991

(далее…)

Tags:

Multiplet-Matched Filtering of 103Rh Signal Using Information Contained in 31P Spectrum of AA´xXX´x 31P–103Rh Spin System

Опубликовано: 10.10.2018

Podkorytov, I. S., Cherkasova, T. G., Kayfadzhyan, E. A. & Varshavsky, Yu. S. Multiplet-Matched Filtering of 103Rh Signal Using Information Contained in 31P Spectrum of AA′XX′ 31P–103Rh Spin System. Appl Magn Reson 50, 563–568 (2019).

DOI: 10.1007/s00723-018-1083-1

(далее…)

Tags: