• Русский
  • English

Записи с тэгом ‘Измайлов’

Сергей Измайлов защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук

Опубликовано: 29.09.2021

29 сентября 2021 успешно прошла защита диссертации Сергеея Измайлова «Разработка и приложение алгоритмов молекулярной динамики и спиновой динамики в исследованиях полипептидных цепей: от неупорядоченных пептидов к кристаллическим белкам». Специальность 05.13.18 — Математическое моделирование, численные методы и комплексы программ.

Tags:

Статьи «Лови вращение», «В магнитном поле возможностей»

Опубликовано: 30.06.2021
Обложка журнала «Санкт-Петербургский университет» №4 31 июня 2021

О лаборатории биомолекулярного ЯМР СПбГУ были опубликованы две статьи в журнале “Санкт-Петербургский университет” №4 (3930) 31 июня 2021.

В первой статье мы рассказали журналистам о новом способе распознавания спектральных сигналов амилоидных фибрилл, который поможет лучше разобраться в механизме нейродегенеративных заболеваний.

Во второй статье мы рассказали журналистам о лаборатории, целях, задачах и планах на будущее. Лаборатории биомолекулярного ЯМР СПбГУ почти восемь лет. 

Tags: , , , , , , , ,

Biophysical Society 65th Annual Meeting 2021

Опубликовано: 26.02.2021

Ольга Лебеденко, Владислав Саликов, Дмитрий Лузик и Сергей Измайлов приняли участие в конференции.

Ольга выступила с постерным докладом «Benchmarking MD Models of Disordered Proteins using NMR Data on Translational Diffusion».

Владислав выступил с постерным докладом «Diffusion NMR Measurements: What can we Learn about the Compactness of Disordered Proteins?».

Дмитрий выступил с постерным докладом «How Effective are Retro-Inverso Peptides? Insights from MD Supported by Paramagnetic NMR Data».

Сергей выступил с постерным докладом «How accurate are PRE-derived distances? Combined MD and experimental study of spin-labeled GB1 domain».

Конференция прошла 22-26 февраля 2021 г. в онлайн-формате.

Tags: , , ,

Histone H4 tails in nucleosomes: a fuzzy interaction with DNA

Опубликовано: 24.02.2021

Sevastyan O. Rabdano, Matthew D. Shannon, Sergei A. Izmailov, Nicole Gonzalez Salguero, Mohamad Zandian, Rudra N. Purusottam, Michael G. Poirier, Nikolai R. Skrynnikov and Christopher P. Jaroniec

https://doi.org/10.1002/anie.202012046

(далее…)

Tags: , ,

Совместный грант РНФ и NSFC

Опубликовано: 27.10.2020
Команда проекта в СПбГУ (слева направо):
Николай Скрынников, Олег Михайловский, Ольга Рогачева и Сергей Измайлов

Совместно с лабораторией Yi Xue (Университет Цинхуа) выигран грант РНФ «На пути к улучшению белковых структур: совместное использование данных рентгеновской дифракции и МД моделей белковых кристаллов» (21-44-00033). Грант выигран в рамках конкурса «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований международными научными коллективами» (совместно с Государственным фондом естественных наук Китая — NSFC).

Обновлено (28 декабря 2020): Новость на сайте СПбГУ

Tags: , , ,

Structural and dynamic origins of ESR lineshapes in spin-labeled GB1 domain: the insights from spin dynamics simulations based on long MD trajectories

Опубликовано: 22.01.2020

Izmailov, S.A, Rabdano, S.O., Hasanbasri, Z., Podkorytov, I.S., Saxena, S., Skrynnikov, N.R. Structural and dynamic origins of ESR lineshapes in spin-labeled GB1 domain: the insights from spin dynamics simulations based on long MD trajectories. Scientific Reports 2020.

DOI: 10.1038/s41598-019-56750-y

(далее…)

Tags: , , ,

Molecular Dynamics model of peptide-protein conjugation: case study of covalent complex between Sos1 peptide and N-terminal SH3 domain from Grb2

Опубликовано: 26.12.2019

Luzik, D.A., Rogacheva, O.N., Izmailov, S.A., Indeykina, M.I., Kononikhin, A.S., Skrynnikov, N.R. Molecular Dynamics model of peptide-protein conjugation: case study of covalent complex between Sos1 peptide and N-terminal SH3 domain from Grb2. Scientific Reports 2019, 9(1).

DOI: 10.1038/s41598-019-56078-7

(далее…)

Tags: , , ,

4-я ежегодная конференция Института Трансляционной Биомедицины СПбГУ, Санкт-Петербург

Опубликовано: 20.07.2018

Борис Харьков, Сергей Измайлов, Севастьян Рабдано, Николай Скрынников, Дмитрий Лузик, Ольга Рогачева и Иван Подкорытов приняли участие в четвертой ежегодной конференции института трансляционной биомедицины, прошедшей в 20-22 июля 2018 в Санкт-Петербурге.

Сергей Измайлов представил доклад «Метки ЭПР в качестве зонда для исследования белковых систем: о чём говорят спектры».

Иван Подкорытов представил доклад «Исследование подвижных участков белка Sup35NM в мономерах и в составе фибрилл методами ЯМР с диффузионным фильтром».

Ольга Рогачева представила доклад «Биоконъюгация пептидов в контексте таргетной терапии: моделирование и эксперимент».

Дмитрий Лузик представил доклад «Covalent binding of modified Sos1-derived peptide and N-terminal SH3-domain of adapter protein Grb2».

Севастьян Рабдано представил доклад «ESR spectroscopy as a probe of protein dynamics: an insight from long MD simulations».

Tags: , , , , , ,

FEBS Congress 2018, Prague, Czech Republic

Опубликовано: 07.07.2018

Севастьян Рабдано и Сергей Измайлов приняли участие в конгрессе FEBS прошедшем 7-12 июля 2018 г. в Праге.

Севастьян Рабдано представил постер «ESR spectroscopy as a probe of protein dynamics: the effect of different motional modes on the simulated lineshapes».

Сергей Измайлов представил постер «ESR spectroscopy as a probe of protein dynamics: an insight from long MD simulations».

Tags: ,

15-th International School-Conference Magnetic resonance and its applications Spinus 2018

Опубликовано: 01.04.2018

Сергей Измайлов, Севастьян Рабдано, Николай Скрынников, Борис Харьков и Владислав Саликов приняли участие в 15-й международной школе-конференции «Магнитный резонанс и его приложения, Spinus» прошедшей 1-6 апреля 2018 г.

Сергей Измайлов представил доклад «EPR spectra simulation from MD data using Redfield theory and direct propagation method».

Севастьян Рабдано представил доклад «Dynamic modes in spin-labeled protein revealed by MD simulations: experimental and computed EPR spectra».

Николай Скрынников представил лекцию «Many faces of disulfide bond».

Борис Харьков представил доклад «Skin-Effect Compensated Optimal Control Pulses for Excitation in a Conductive Medium».

Владислав Саликов представил постер «Optimization of bacterial expression of MdmX N-terminal domain for NMR studies».

Tags: , , , ,