• Русский
  • English

XXXVIII Finnish NMR Symposium

Опубликовано: 13.06.2016

Finnish NMR symposium

Н.Р Скрынников, И.С. Подкорытов, С.А. Измайлов, О.Н. Рогачева, К. Кемпф и С.О. Рабдано приняли участие в конференции XXXVIII Finnish NMR Symposium, Ювяскюля, Финляндия.

Н.Р. Скринников представил лекцию «Dynamics in Protein Crystals: Insights From MD Simulations Complement New Solid-State NMR And X-Ray Data».

Керстин представила устный доклад “Local and global dynamics of intrinsically disordered proteins: a case study of H4 histone tail“.

И.С. Подкорытов представил постер “Diffusion-filtered experiment to detect flexible portion of protein chain in amyloid fibrils: application to Sup35NM“.

С.А. Измайлов представил постер “Simple MD-based model for oxidative folding of peptides and proteins”.

О.Н. Рогачева представила постер “Using molecular dynamics simulation and chemical shift prediction to unravel dynamics in different crystal forms of ubiquitin”.

С.О. Рабдано представил постер “Loss of protein stability due to formation of intermolecular disulfide bonds under the effect of oxidative stress: case study of the RRM2 domain from neuropathological protein TDP-43”.

Тэги: , , , , , , ,

Динамика в белковых кристаллах

Опубликовано: 01.06.2016

Мы изучили динамику в двух формах кристаллов убиквитина (PDB 3ONS и 3N30) с особым акцентом на (i) конформационный обмен между β-поворотами типа I и II в последоватлености 51-54 и (ii) качательную динамику, где белковые молекулы целиком слегка переориентируются внутри кристаллической решетки. Экспериментально оба динамических процесса были охарактеризованы дисперсией релаксации с использованием твердотельных ЯМР методик. Процессы показывают похожие или одинаковые характеристические времена (десятки микросекунд) в кристаллах 3N30. Это наводит на вопрос: «является ли это просто совпадением или напротив два этих динамических процесса согласованы?» Для того, чтобы ответить на этот вопрос мы выполнили МД моделирование кристаллов 3ONS и 3N30. Для количественного анализа качательного движения мы использовали временные корреляционные функции.

screen-shot-2016-09-07-at-23-49-51

 

МД моделирование кристаллов позволяет понять качательное движение. Мы показали, что кристалл 3N30 склонен к раскачиванию, и наблюдали слабую связь между качательным движением и обменом βI↔βII. Наши данные также подкреплены данными рентгеновской кристаллографии и твердотельного ЯМР и, по всей видимости, являются весьма точным в объяснении баланса населенностей различных конформаций.

Тэги: , , ,

Керстин и Севастьян выполнили отнесение для хвоста H4

Опубликовано: 21.05.2016

 

H4-tail assignment

Керстин Кемпф и Севастьян Рабдно выполнили отнесение сигналов 1H, 15N and 13C основной цепи хвоста белка H4. Отнесение было сделано с помощью стандартного набора экспериментов тройного резонанса (HNCO, HNcaCO, HNCA, HNcoCA, CBCANH и CBCAcoNH).

Тэги: , ,

Международный симпозиум “Magnetic resonance: from fundamental research to practical applications” в Казани

Опубликовано: 23.04.2016

Kazan conference

http://kpfu.ru/science/konferencii/magnitnyj-rezonans-ot-fundamentalnyh-issledovanij/fotogalereya

Николай и Керстин приняли участие в международном симпозиуме “Magnetic Resonance: from fundamental research to practical applications” в Казани, 21-23 апреля, 2016 г.
Керстин представила постер “Local and global dynamics of disordered proteins via the combination of temperature-dependent NMR spin relaxation measurements and MD simulations: a case study of H4 histone tail”. За постерный доклад она была награждена в одной из номанаций.

Николай представил лекцию “Dynamics in protein crystals: insights from MD simulations complement new ssNMR and x-ray data”.

Тэги: , ,

Dynamics in protein crystals: insights from MD simulations complement new ssNMR and x-ray data

Опубликовано: 10.04.2016

57th Experimental Nuclear Magnetic Resonance Conference (ENC), Pittsburgh PA, 10-15 Apr 2016

Picture2

Николай Скрынников представил доклад “Dynamics in protein crystals: insights from MD simulations complement new ssNMR and X-ray data” на 57-й конференции «Experimental Nuclear Magnetic Resonance Conference (ENC)», Питтсбург, Пенсильвания, 10-15 апреля, 2016.

Тэги: ,

Biophysical Society 60th annual meeting

Опубликовано: 25.02.2016

Biophysical Society 60th annual meeting

Севастьян Рабдано и Сергей Измайлов приняли участие конференции Biophysical Society 60th annual meeting, Лос-Анджелес, Калифорния, США. Они представили результаты по проектам RRM2 и Guanylin oxidative folding.

Севастьян представил постер “Loss of protein stability due to formation of intermolecular disulfide bonds under the effect of oxidative stress: case study of the RRM2 domain from neuropathological protein TDP-43”.

Сергей представил постер «MD Modeling of Oxidative Folding in Peptides and Proteins».

Тэги: ,

Экспрессия и очистка мутанта C198S RRM2

Опубликовано: 22.02.2016

Второй мутант RRM2 был впервые экспрессирован и очищен в лаборатории. Будут проведеныЯМР иследования роли второго цистеина RRM2.

Тэги:

Практический курс «Стратегии клонирования»

Опубликовано: 01.12.2015

photo024

Севастьян Рабдано и Юлия Пивоварова прошли обучение в двух недельном курсе по клонирования в Московском государственном университете, организованном Анной Головиной в лаборатории Ольги Донцовой (Институт Физико-Химической биологии имени А.Н. Белозерского). На курсе они научились выполнять клонирование конструкций ДНК в экспрессионные векторы, включая такие операции как ДНК электрофорез, экстракция ДНК, ПЦР и рестрикционный анализ.

Севастьян представил доклад о проектах лаборатории биомолекулярного ЯМР на еженедельном семинаре группы.

Тэги: ,

Конференция Spinus 2015

Опубликовано: 15.11.2015

img_9846

Севастьян принял участие в конференции “Magnetic resonance and its applications”, Санкт-Петербург, Репино. Был представлен доклад “Последствия окислительного стресса для структуры и стабильности РНК-распознающего домена RRM2 белка TDP-43”.

За лучший устный доклад Севастьян был награжден гланым призом, который был спонсирован Uwe и Barabara Eichhoff.

Тэги:

«Hydration Shells» of CH2 Groups of ω-Amino Acids as Studied by Deuteron NMR Relaxation

Опубликовано: 22.10.2015

srnlmobrvo

Rabdano, S.O., Donets, A.V., Vovk, M.A., Michel, D., Chizhik, V.I., 2015. “Hydration Shells” of CH 2 Groups of ω-Amino Acids as Studied by Deuteron NMR Relaxation. The Journal of Physical Chemistry B 119, 13358–13366 (2015).
DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b06584

Читать далее »

Тэги: