• Русский
  • English

Первый белок экспрессирован в новой лаборатории

Опубликовано: 20.01.2015

Gel1

Это гель с анализом дифференциальной экспрессии домена RRM2 нейропатологического белка TDP-43. На последней дорожке мы обнаружили бэнд соответствующий молекулярной массе 10 кДа. Далее будет проведено изучение RRM2 с помощью H/D обменных ЯМР экспериментов на 15N-меченых образцах.

Тэги:

Новый постдок Керстин Кемпф из Германии

Опубликовано: 16.01.2015

Kerstin Kaempf

В лабораторию устроилась работать постдок Керстин Кемпф из Германии. Керстин займется исследованиями динамики неупорядоченного хвоста белка H4 с помощью ЯМР и моделирования МД.

Тэги:

Начало обустройства лаборатории

Опубликовано: 25.12.2014

Сегодня в Петергоф приехала машина с оборудованием и мебелью для лаборатории. Мы начали установку оборудования в наши 3 комнаты на первом этаже 4 на четвертом. У нас на данный момент есть все, чтобы начать экспрессию и очистку белков. Все новое и сияющее начиная с шейкера-инкубатора и заканчивая системой хроматографии FPLC!

10809834_334194480097994_1854944999_n
10784913_748096581912069_2101601880_n
10817732_1541588292753822_72438595_n

 

Modeling a system with intrinsic disorder: an NMR/MD study of peptide-protein encounter complex

Опубликовано: 24.08.2014

International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems (ICMRBS)

Николай Скрынников принял участие в «Международной конференции по магнитному резонансу в биологических системах» (ICMRBS), Даллас, Техас, 24-29 августа 2014 г. Он представил лекцию “Modeling a system with intrinsic disorder: an NMR/MD study of peptide-protein encounter complex”.

Тэги:

EMBO курс “Multidimensional NMR in Structural Biology”

Опубликовано: 10.08.2014

EMBO course

Севастьян Рабдано принял участие в курсе EMBO Multidimensional NMR in Structural Biology, который был организован R. Boelens, C. Griesinger и H. Oschkinat в Берлине. Вместе с 35 отобранными аспирантами он изучил новейшие методики в биомолекулярном ЯМР. Темы, которые обсуждались на лекциях приведены ниже:

  • Теория ЯМР (формализм матрицы плотности)
  • Импульсные последовательсности с использованием импульсных градиентов
  • Многомерный и многоядерный ЯМР
  • Методы спектрального отнесения
  • Частичное выравнивание биомолекул
  • Теория релаксации и динамика
  • Расчет структуры белков и вычислительные методы
  • Экспрессия белков и изотопное меченье
  • Твердотельный ЯМР
  • Методы усиления ЯМР сигналов (гиперполяризация и динамическая ядерная поляризация)

На постерной сесси Севастьян представил результаты работы над проектом RRM2. Название доклада было  “RNA‐recognition motif RRM2 in TDP-43: oxidative stress leads to conformational change, proteolysis, formation of inclusion bodies, and neurodegenerative disease”.

Тэги:

Конференция NMRCM 2014

Опубликовано: 07.07.2014

Сотрудники лаборатории приняли активное участие в конференции Nuclear Magnetic Resonance in Condenced Matter “Biomolecular NMR and related phenomena”, Санкт-Петербург, 7-11 июля, 2014.

NMRCM logo

Н.Р. Скрынников представил лекцию

  • T. Yuwen, Yi Xue, F. Zhu and N.R. Skrynnikov Modeling a system with intrinsic disorder: an NMR/MD study of peptide-protein encounter complex.

С.О. Рабдано представил устный доклад

  • The study of hydration properties of functional groups of glycine and beta- alanine amino acids by nuclear magnetic resonance and quantum chemical calculations.

Все сотрудники лаборатории участвовали в обсуждении лекций, устных и постерных докладов на конференции NMRCM 2014.

Тэги: ,

Изучение свойств гидратации функциональных групп аминокислот глицина и бета-аланина по данным ядерного магнитного резонанса и квантово-химических расчетов

Опубликовано: 10.06.2014

Севастьян Рабдано защитил магистерскую диссертацию «Изучение свойств гидратации функциональных групп аминокислот глицина и бета-аланина по данным ядерного магнитного резонанса и квантово-химических расчетов».

Тэги:

1H, 13C, 15N химические сдвиги RRM2

Опубликовано: 31.05.2014

2 мая 2014 года в репозитории Biological Magnetic Resonance Data Bank было опубликовано отнесение химических сдвигов 1H, 13C и 15N домена RRM2 белка TDP-43.

Авторы: Rabdano, Sevastyan; Podkorytov, Ivan; Yuwen, Tairan; Groves, Adam; Chamberlain, Kyle; Yakimov, Alexander; Skrynnikov, Nikolai.

BMRB 19922

Тэги: , , , ,

CP-HISQC: a better version of HSQC experiment for intrinsically disordered proteins under physiological conditions

Опубликовано: 04.05.2014

Yuwen, T. & Skrynnikov, N. R. CP-HISQC: a better version of HSQC experiment for intrinsically disordered proteins under physiological conditions. Journal of Biomolecular NMR 58, 175–192 (2014).

DOI: 10.1007/s10858-014-9815-5

Читать далее »

Тэги:

Ensemble MD simulations restrained via crystallographic data: accurate structure leads to accurate dynamics

Опубликовано: 04.05.2014
Xue, Y. & Skrynnikov, N. R. Ensemble MD simulations restrained via crystallographic data: Accurate structure leads to accurate dynamics: Ensemble MD Simulations. Protein Science 23, 488–507 (2014).

Читать далее »

Тэги: