Лаборатория биомолекулярного ЯМР

Conformational and Interaction Landscape of Histone H4 Tails in Nucleosomes Probed by Paramagnetic NMR Spectroscopy

Опубликовано: 09.11.2023

Here we investigate the conformational ensemble and interactions of the H4 tail in nucleosomes by means of solution NMR measurements of paramagnetic relaxation enhancements (PREs) in recombinant samples reconstituted with ¹⁵N-enriched H4 and nitroxide spin-label tagged H3.

Wenjun Sun, Olga O. Lebedenko, Nicole Gonzalez Salguero, Matthew D. Shannon, Mohamad Zandian, Michael G. Poirier, Nikolai R. Skrynnikov, and Christopher P. Jaroniec

https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/jacs.3c10340

Тэги: Лебеденко, Скрынников

Лаборатории биомолекулярного ЯМР исполнилось 10 лет!

Опубликовано: 04.10.2023

Поздравляем всех нас и особенно Николая с десятилетним юбилеем!

Приказ об утверждении результатов конкурса на создание научных лабораторий

Aromatic ring flips in differently packed ubiquitin protein crystals from MAS NMR and MD

Опубликовано: 12.01.2023

Here we apply magic-angle spinning NMR, advanced phenylalanine 1H-13C/2H isotope labeling and MD simulation to a protein in three different crystal packing environments to shed light onto possible impact of packing on ring flips.

Diego F. Gauto, Olga O. Lebedenko, Lea Marie Becker, Isabel Ayala, Roman Lichtenecker, Nikolai R. Skrynnikov, Paul Schanda

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2590152422000204?via%3Dihub

Тэги: Лебеденко, Скрынников

Simulating diffraction photographs based on molecular dynamics trajectories of a protein crystal: a new option to examine structure-solving strategies in protein crystallography

Опубликовано: 11.01.2023

In this work, we have simulated diffraction photographs based on MD simulations of a supercell comprised of 125 unit cells of tetragonal lysozyme. The calculations were conducted using the fundamental Huygens–Fresnel principle.

Ning Liu, Oleg Mikhailovskii, Nikolai R. Skrynnikovb, and Yi Xue

https://journals.iucr.org/m/issues/2023/01/00/lz5062/index.html

Тэги: Mikhailovskii, Ning Liu, Skrynnikov, Yi Xue

Effect of rotation in NMR diffusion experiments on micron-sized particles: A generalized theoretical treatment

Опубликовано: 17.11.2022

A theory is developed to describe the effect of particle rotation in PFG NMR experiments. The rotation can produce 1.5-fold or even greater acceleration of apparent diffusion rates. Large macromolecular assemblies always diffuse much more slowly than their constituent monomers.

Ivan S.Podkorytov, Nikolai R.Skrynnikov

https://doi.org/10.1016/j.jmr.2022.107303

Тэги: Подкорытов, Скрынников

Ежегодная конференция Института Трансляционной Биомедицины СПбГУ (ИТБМ СПбГУ) «Актуальные проблемы трансляционной биомедицины 2022»

Опубликовано: 26.07.2022

Кто-то выступал с докладом, кто-то слушал, а Борис летал на воздушном змее.

Б.Б. Харьков

https://events.spbu.ru/events/translational-biomedicine-2022

https://events.spbu.ru/eventsContent/events/2022/%D0%A1%D0%B1%D0%BE%D1%80%D0%BD%D0%B8%D0%BA%20%D1%82%D0%B5%D0%B7%D0%B8%D1%81%D0%BE%D0%B2%20%D0%BA%D0%BE%D0%BD%D1%84%20%D0%98%D0%A2%D0%91%D0%9C%202022.pdf

Тэги: Харьков

Amber22 is now available!

Опубликовано: 27.04.2022

Version 22 of the Amber software suite represents a significant update from version 20.

D.A. Case, H.M. Aktulga, K. Belfon, I.Y. Ben-Shalom, J.T. Berryman, S.R. Brozell, D.S. Cerutti, T.E. Cheatham, III, G.A. Cisneros, V.W.D. Cruzeiro, T.A. Darden, R.E. Duke, G. Giambasu, M.K. Gilson, H. Gohlke, A.W. Goetz, R. Harris, S. Izadi, S.A. Izmailov, K. Kasavajhala, M.C. Kaymak, E. King, A. Kovalenko, T. Kurtzman, T.S. Lee, S. LeGrand, P. Li, C. Lin, J. Liu, T. Luchko, R. Luo, M. Machado, V. Man, M. Manathunga, K.M. Merz, Y. Miao, O. Mikhailovskii, G. Monard, H. Nguyen, K.A. O’Hearn, A. Onufriev, F. Pan, S. Pantano, R. Qi, A. Rahnamoun, D.R. Roe, A. Roitberg, C. Sagui, S. Schott-Verdugo, A. Shajan, J. Shen, C.L. Simmerling, N.R. Skrynnikov, J. Smith, J. Swails, R.C. Walker, J. Wang, J. Wang, H. Wei, R.M. Wolf, X. Wu, Y. Xiong, Y. Xue, D.M. York, S. Zhao, and P.A. Kollman

https://ambermd.org/doc12/Amber22.pdf

Тэги: Mikhailovskii, Yi Xue, Измайлов, Скрынников

Weak nuclear spin singlet relaxation mechanisms revealed by experiment and computation

Опубликовано: 23.03.2022

The ability of nuclear spin singlet order (SO) to exhibit lifetimes much longer than spin lattice relaxation times has motivated the investigation into the use of such states as information or polarization storage vehicles. Potential applications include imaging, the study of slow kinetic or dynamic processes, or the study of weak relaxation mechanisms.

B. Kharkov, X. Duan, J. Rantaharju, M. Sabba, M.H. Levitt, J.W. Canary, A. Jerschow

https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2022/cp/d1cp05537b

Тэги: Харьков

Modeling a unit cell: crystallographic refinement procedure using the biomolecular MD simulation platform Amber

Опубликовано: 16.12.2021

Oleg Mikhailovskii, Yi Xue, and Nikolai R. Skrynnikov.

https://doi.org/10.1107/S2052252521011891.

Тэги: Михайловский, Скрынников

Modern development of magnetic resonance 2021

Опубликовано: 05.11.2021

В этом году на первой доступной нам очной конференции приняли участие несколько человек из нашей лаборатории.

Николай Скрынников выступил с приглашённым докладом «Structural and Dynamic Origins of ESR Lineshapes in Spin-Labeled GB1 Domain: the Insights from Experiments and Spin Dynamics Simulations Based on MD Trajectories». Помимо этого, Николай участвовал в качестве председателя на сессии Chemical and Biological Systems (5 ноября 2021 г.).

Ольга Лебеденко выступила с постерным докладом «Validating MD Models of Disordered Proteins Using NMR Data on Translational Diffusion».

Владислав Саликов выступил с постерным докладом «Improved Processing Scheme for Diffusion NMR Data Implemented in Web Server DDfit».

Борис Харьков выступил с устным докладом «The Role of Rotation in Diffusion NMR Experiments on Supramolecular Assemblies».

Конференция прошла в Казани 1-5 ноября 2021 г. в смешанном формате. Тезисы доступны онлайн.

Тэги: Лебеденко, Саликов, Скрынников, Харьков

Ссылки

Метки

Мета