• Русский
  • English

Molecular Dynamics model of peptide-protein conjugation: case study of covalent complex between Sos1 peptide and N-terminal SH3 domain from Grb2

Опубликовано: 26.12.2019

Luzik, D.A., Rogacheva, O.N., Izmailov, S.A., Indeykina, M.I., Kononikhin, A.S., Skrynnikov, N.R. Molecular Dynamics model of peptide-protein conjugation: case study of covalent complex between Sos1 peptide and N-terminal SH3 domain from Grb2. Scientific Reports 2019, 9(1).

DOI: 10.1038/s41598-019-56078-7

Читать далее »

Тэги: , , ,

Structural and dynamic origins of ESR lineshapes in spin-labeled GB1 domain: the insights from spin dynamics simulations based on long MD trajectories

Опубликовано: 24.12.2019

Izmailov, S.A, Rabdano, S.O., Hasanbasri, Z., Podkorytov, I.S., Saxena, S., Skrynnikov, N.R. Structural and dynamic origins of ESR lineshapes in spin-labeled GB1 domain: the insights from spin dynamics simulations based on long MD trajectories. Scientific Reports 2019.

DOI: 10.1038/s41598-019-56750-y

Читать далее »

Тэги: , , ,

Joint 12-th EBSA 10-th ICBP-IUPAP Biophysics Congress, Madrid, Spain

Опубликовано: 20.07.2019

Севастьян Рабдано принял участие в биофизическом конгрессе Ассоциации Европейских Биофизических Сообществ с устным докладом «Histone tails in nucleosome: fuzzy interaction with DNA». Конференция прошла 20-24 июля 2019 г. в Мадриде.

Тэги:

Luminescent Complexes of the Trinuclear Silver(I) and Copper(I) Pyrazolates Supported with Bis(diphenylphosphino)methane

Опубликовано: 19.06.2019

Titov, A. A., Filippov, O. A., Smol’yakov, A. F., Godovikov, I. A., Shakirova, J. R., Tunik, S. P., Podkorytov, I. S. & Shubina, E. S. Luminescent Complexes of the Trinuclear Silver(I) and Copper(I) Pyrazolates Supported with Bis(diphenylphosphino)methane. Inorg. Chem. 58, 8645–8656 (2019).

DOI: 10.1021/acs.inorgchem.9b00991

Читать далее »

Тэги:

16th International School-Conference “Magnetic resonance and its applications, Spinus”, St. Petersburg

Опубликовано: 31.03.2019

Николай Скрынников, Сергей Двинских и Владислав Саликов приняли участие в 16-й международной школе-конференции Spinus 2019, которая прошла 31 марта – 5 апреля 2019 г. в Репино.

Николай Скрынников представил лекцию «When Molecular Dynamics met NMR (and various other experimental methods)».

Сергей Двинских представил доклад «Multinuclear dipolar NMR spectroscopy in ionic liquid crystals».

Владислав Саликов представил доклад «Protein unfolding (denaturation) as monitored by PFG NMR measurements of translational diffusion».

Тэги: , ,

Multiplet-Matched Filtering of 103Rh Signal Using Information Contained in 31P Spectrum of AA´xXX´x 31P–103Rh Spin System

Опубликовано: 10.10.2018

Podkorytov, I. S., Cherkasova, T. G., Kayfadzhyan, E. A. & Varshavsky, Yu. S. Multiplet-Matched Filtering of 103Rh Signal Using Information Contained in 31P Spectrum of AA′XX′ 31P–103Rh Spin System. Appl Magn Reson 50, 563–568 (2019).

DOI: 10.1007/s00723-018-1083-1

Читать далее »

Тэги:

13C NMR spectrum of crystalline [Rh(Acac) (CO)2]: A contribution to the discussion on [Rh(Acac) (CO)2] molecular structure in the solid state

Опубликовано: 11.08.2018

Varshavsky, Yu. S., Cherkasova, T. G., Galding, M. R., Korlyukov, A. A., Podkorytov, I. S., Gindin, V. A., Smirnov, S. N., Mazur, A. S. & Rubaylo, A. I. 13C NMR spectrum of crystalline [Rh(Acac) (CO)2]: A contribution to the discussion on [Rh(Acac) (CO)2] molecular structure in the solid state. Journal of Organometallic Chemistry 874, 70–73 (2018).

DOI: 10.1016/j.jorganchem.2018.08.009

Читать далее »

Тэги:

Experimental strategies for 13C–15N dipolar NMR spectroscopy in liquid crystals at the natural isotopic abundance

Опубликовано: 08.08.2018

Jackalin, L., Kharkov, B. B., Komolkin, A. V. & Dvinskikh, S. V. Experimental strategies for 13 C– 15 N dipolar NMR spectroscopy in liquid crystals at the natural isotopic abundance. Physical Chemistry Chemical Physics 20, 22187–22196 (2018).

DOI: 10.1039/C8CP04161J

Читать далее »

Тэги:

4-я ежегодная конференция Института Трансляционной Биомедицины СПбГУ, Санкт-Петербург

Опубликовано: 20.07.2018

Борис Харьков, Сергей Измайлов, Севастьян Рабдано, Николай Скрынников, Дмитрий Лузик, Ольга Рогачева и Иван Подкорытов приняли участие в четвертой ежегодной конференции института трансляционной биомедицины, прошедшей в 20-22 июля 2018 в Санкт-Петербурге.

Сергей Измайлов представил доклад «Метки ЭПР в качестве зонда для исследования белковых систем: о чём говорят спектры».

Иван Подкорытов представил доклад «Исследование подвижных участков белка Sup35NM в мономерах и в составе фибрилл методами ЯМР с диффузионным фильтром».

Ольга Рогачева представила доклад «Биоконъюгация пептидов в контексте таргетной терапии: моделирование и эксперимент».

Дмитрий Лузик представил доклад «Covalent binding of modified Sos1-derived peptide and N-terminal SH3-domain of adapter protein Grb2».

Севастьян Рабдано представил доклад «ESR spectroscopy as a probe of protein dynamics: an insight from long MD simulations».

Тэги: , , , , , ,

Optimal control RF pulses for excitation and suppression of NMR signals in a conductive medium

Опубликовано: 20.07.2018

Kharkov, B., Strouk, L., Skinner, T. E. & Jerschow, A. Optimal control RF pulses for excitation and suppression of NMR signals in a conductive medium. The Journal of Chemical Physics 149, 034201 (2018).

DOI: 10.1063/1.5031154

Читать далее »

Тэги: