Лаборатория биомолекулярного ЯМР

Simulating diffraction photographs based on molecular dynamics trajectories of a protein crystal: a new option to examine structure-solving strategies in protein crystallography

Опубликовано: 11.01.2023

In this work, we have simulated diffraction photographs based on MD simulations of a supercell comprised of 125 unit cells of tetragonal lysozyme. The calculations were conducted using the fundamental Huygens–Fresnel principle.

Ning Liu, Oleg Mikhailovskii, Nikolai R. Skrynnikovb, and Yi Xue

https://journals.iucr.org/m/issues/2023/01/00/lz5062/index.html

Тэги: Mikhailovskii, Ning Liu, Skrynnikov, Yi Xue

Effect of rotation in NMR diffusion experiments on micron-sized particles: A generalized theoretical treatment

Опубликовано: 17.11.2022

A theory is developed to describe the effect of particle rotation in PFG NMR experiments. The rotation can produce 1.5-fold or even greater acceleration of apparent diffusion rates. Large macromolecular assemblies always diffuse much more slowly than their constituent monomers.

Ivan S.Podkorytov, Nikolai R.Skrynnikov

https://doi.org/10.1016/j.jmr.2022.107303

Тэги: Подкорытов, Скрынников

Ежегодная конференция Института Трансляционной Биомедицины СПбГУ (ИТБМ СПбГУ) «Актуальные проблемы трансляционной биомедицины 2022»

Опубликовано: 26.07.2022

Кто-то выступал с докладом, кто-то слушал, а Борис летал на воздушном змее.

Б.Б. Харьков

https://events.spbu.ru/events/translational-biomedicine-2022

https://events.spbu.ru/eventsContent/events/2022/%D0%A1%D0%B1%D0%BE%D1%80%D0%BD%D0%B8%D0%BA%20%D1%82%D0%B5%D0%B7%D0%B8%D1%81%D0%BE%D0%B2%20%D0%BA%D0%BE%D0%BD%D1%84%20%D0%98%D0%A2%D0%91%D0%9C%202022.pdf

Тэги: Харьков

Amber22 is now available!

Опубликовано: 27.04.2022

Version 22 of the Amber software suite represents a significant update from version 20.

D.A. Case, H.M. Aktulga, K. Belfon, I.Y. Ben-Shalom, J.T. Berryman, S.R. Brozell, D.S. Cerutti, T.E. Cheatham, III, G.A. Cisneros, V.W.D. Cruzeiro, T.A. Darden, R.E. Duke, G. Giambasu, M.K. Gilson, H. Gohlke, A.W. Goetz, R. Harris, S. Izadi, S.A. Izmailov, K. Kasavajhala, M.C. Kaymak, E. King, A. Kovalenko, T. Kurtzman, T.S. Lee, S. LeGrand, P. Li, C. Lin, J. Liu, T. Luchko, R. Luo, M. Machado, V. Man, M. Manathunga, K.M. Merz, Y. Miao, O. Mikhailovskii, G. Monard, H. Nguyen, K.A. O’Hearn, A. Onufriev, F. Pan, S. Pantano, R. Qi, A. Rahnamoun, D.R. Roe, A. Roitberg, C. Sagui, S. Schott-Verdugo, A. Shajan, J. Shen, C.L. Simmerling, N.R. Skrynnikov, J. Smith, J. Swails, R.C. Walker, J. Wang, J. Wang, H. Wei, R.M. Wolf, X. Wu, Y. Xiong, Y. Xue, D.M. York, S. Zhao, and P.A. Kollman

https://ambermd.org/doc12/Amber22.pdf

Тэги: Mikhailovskii, Yi Xue, Измайлов, Скрынников

Weak nuclear spin singlet relaxation mechanisms revealed by experiment and computation

Опубликовано: 23.03.2022

The ability of nuclear spin singlet order (SO) to exhibit lifetimes much longer than spin lattice relaxation times has motivated the investigation into the use of such states as information or polarization storage vehicles. Potential applications include imaging, the study of slow kinetic or dynamic processes, or the study of weak relaxation mechanisms.

B. Kharkov, X. Duan, J. Rantaharju, M. Sabba, M.H. Levitt, J.W. Canary, A. Jerschow

https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2022/cp/d1cp05537b

Тэги: Харьков

Modeling a unit cell: crystallographic refinement procedure using the biomolecular MD simulation platform Amber

Опубликовано: 16.12.2021

Oleg Mikhailovskii, Yi Xue, and Nikolai R. Skrynnikov.

https://doi.org/10.1107/S2052252521011891.

Тэги: Михайловский, Скрынников

Modern development of magnetic resonance 2021

Опубликовано: 05.11.2021

В этом году на первой доступной нам очной конференции приняли участие несколько человек из нашей лаборатории.

Николай Скрынников выступил с приглашённым докладом «Structural and Dynamic Origins of ESR Lineshapes in Spin-Labeled GB1 Domain: the Insights from Experiments and Spin Dynamics Simulations Based on MD Trajectories». Помимо этого, Николай участвовал в качестве председателя на сессии Chemical and Biological Systems (5 ноября 2021 г.).

Ольга Лебеденко выступила с постерным докладом «Validating MD Models of Disordered Proteins Using NMR Data on Translational Diffusion».

Владислав Саликов выступил с постерным докладом «Improved Processing Scheme for Diffusion NMR Data Implemented in Web Server DDfit».

Борис Харьков выступил с устным докладом «The Role of Rotation in Diffusion NMR Experiments on Supramolecular Assemblies».

Конференция прошла в Казани 1-5 ноября 2021 г. в смешанном формате. Тезисы доступны онлайн.

Тэги: Лебеденко, Саликов, Скрынников, Харьков

Выступление Николая Скрынникова на ученом совете медицинского факультета СПбГУ

Опубликовано: 06.10.2021

Николай Скрынников выступил 6 октября 2021 с докладом “Исследования и компетенции Лаборатории био-ЯМР СПбГУ” на заседании ученого совета медицинского факультета СПбГУ, проведенном с использованием видеоконференции в системе MS TEAMS. На заседании присутствовали 19 человек, в том числе председатель ученого совета: и.о. декана медицинского факультета, к.м.н. И.Ю. Пчелин.

Протокол заседания Ученого совета Медицинского факультета

Тэги: Скрынников

Сергей Измайлов защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук

Опубликовано: 29.09.2021

29 сентября 2021 успешно прошла защита диссертации Сергеея Измайлова «Разработка и приложение алгоритмов молекулярной динамики и спиновой динамики в исследованиях полипептидных цепей: от неупорядоченных пептидов к кристаллическим белкам». Специальность 05.13.18 — Математическое моделирование, численные методы и комплексы программ.

Тэги: Измайлов

Статья в журнале «Наука и жизнь»

Опубликовано: 15.07.2021

В журнале «Наука и жизнь» №7 от 2021 вышла статья «Амилоидные образования отделили от мусора», оснванная на пресс-релизе СПбГУ статьи The Role of Rotational Motion in Diffusion NMR Experiments on Supramolecular Assemblies: Application to Sup35NM Fibrils.

Тэги: Подкорытов, Саликов, Скрынников, Харьков

Ссылки

Метки

Мета