• Русский
  • English

Modeling a unit cell: crystallographic refinement procedure using the biomolecular MD simulation platform Amber

Опубликовано: 16.12.2021

Oleg Mikhailovskii, Yi Xue, and Nikolai R. Skrynnikov.

https://doi.org/10.1107/S2052252521011891.

Читать далее »

Тэги: ,

Modern development of magnetic resonance 2021

Опубликовано: 05.11.2021

 

В этом году на первой доступной нам очной конференции приняли участие несколько человек из нашей лаборатории.

Николай Скрынников выступил с приглашённым докладом «Structural and Dynamic Origins of ESR Lineshapes in Spin-Labeled GB1 Domain: the Insights from Experiments and Spin Dynamics Simulations Based on MD Trajectories». Помимо этого, Николай участвовал в качестве председателя на сессии Chemical and Biological Systems (5 ноября 2021 г.).

Ольга Лебеденко выступила с постерным докладом «Validating MD Models of Disordered Proteins Using NMR Data on Translational Diffusion».

Владислав Саликов выступил с постерным докладом «Improved Processing Scheme for Diffusion NMR Data Implemented in Web Server DDfit».

Борис Харьков выступил с устным докладом «The Role of Rotation in Diffusion NMR Experiments on Supramolecular Assemblies».

Конференция прошла в Казани 1-5 ноября 2021 г. в смешанном формате. Тезисы доступны онлайн.

Тэги: , , ,

Выступление Николая Скрынникова на ученом совете медицинского факультета СПбГУ

Опубликовано: 06.10.2021

Николай Скрынников выступил 6 октября 2021 с докладом “Исследования и компетенции Лаборатории био-ЯМР СПбГУ” на заседании ученого совета медицинского факультета СПбГУ, проведенном с использованием видеоконференции в системе MS TEAMS. На заседании присутствовали 19 человек, в том числе председатель ученого совета: и.о. декана медицинского факультета, к.м.н. И.Ю. Пчелин.

Протокол заседания Ученого совета Медицинского факультета

Читать далее »

Тэги:

Сергей Измайлов защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук

Опубликовано: 29.09.2021

29 сентября 2021 успешно прошла защита диссертации Сергеея Измайлова «Разработка и приложение алгоритмов молекулярной динамики и спиновой динамики в исследованиях полипептидных цепей: от неупорядоченных пептидов к кристаллическим белкам». Специальность 05.13.18 — Математическое моделирование, численные методы и комплексы программ.

Тэги:

Статья в журнале «Наука и жизнь»

Опубликовано: 15.07.2021

В журнале «Наука и жизнь» №7 от 2021 вышла статья «Амилоидные образования отделили от мусора», оснванная на пресс-релизе СПбГУ статьи The Role of Rotational Motion in Diffusion NMR Experiments on Supramolecular Assemblies: Application to Sup35NM Fibrils.

Тэги: , , ,

Статьи «Лови вращение», «В магнитном поле возможностей»

Опубликовано: 30.06.2021
Обложка журнала «Санкт-Петербургский университет» №4 31 июня 2021

О лаборатории биомолекулярного ЯМР СПбГУ были опубликованы две статьи в журнале “Санкт-Петербургский университет” №4 (3930) 31 июня 2021.

В первой статье мы рассказали журналистам о новом способе распознавания спектральных сигналов амилоидных фибрилл, который поможет лучше разобраться в механизме нейродегенеративных заболеваний.

Во второй статье мы рассказали журналистам о лаборатории, целях, задачах и планах на будущее. Лаборатории биомолекулярного ЯМР СПбГУ почти восемь лет. 

Тэги: , , , , , , , ,

Интервью Олега Михайловского ТАСС. Наука о предсказании кристаллических структур белка

Опубликовано: 24.06.2021
Олег Михайловский © Валентина Певцова/ТАСС

Олег Михайловский дал интервью ТАСС о своей работе в области предсказания рентгеновских структур белков, о важности изучения структуры белка. «Один из недавних научных прорывов — создание алгоритмов, которые могут предсказывать структуру белка. В перспективе это позволит создавать новые персонализированные лекарства и новые вакцины прямо на компьютере, за считанные недели и даже дни. Математик и биолог Олег Михайловский рассказал ТАСС о том, как изучают белки, как знание их структуры может помочь врачам и почему ученому полезно быть «многостаночником».» ТАСС Наука (ссылка на полную статью).

Тэги:

Памяти Ричарда Эрнста, Нобелевского лауреата

Опубликовано: 10.06.2021

Николай Скрынников 9 июня 2021 дал интервью для американского издания C&EN в память о Ричарде Эрнсте (Richard R. Ernst), Нобелевском лауреата по химии 1991 «за вклад в развитие методологии спектроскопии ЯМР высокого разрешения». Ричард Эрнст был руководителем Николая Руслановича во времена постдокторантуры:

«…Nikolai Skrynnikov of St. Petersburg University and Purdue University, who studied with Ernst as a postdoctoral researcher, recalls Ernst once writing a letter of recommendation for a US Permanent Resident Card for a scientist Ernst had never met, something he reportedly did regularly…»

Полную версию можно прочитать в источнике.

 

Тэги:

Университетский пресс-релиз о появлении статьи в Angewandte о новой теории диффузионных экспериментов ЯМР для изучения амилоидных фибрилл

Опубликовано: 26.05.2021
Электронный микрограф фибрилл Sup35NM. Данные получены в ресурсном центре «Развитие молекулярных и клеточных технологий» Научного парка СПбГУ.

26 мая 2021 вышел университетский пресс-релиз, посвященный исследованию фибрилл. Коллектив лаборатории создал новую теорию о диффузионных экспериментах ЯМР для изучения амилоидных фибрилл — ключевых факторов, провоцирующих различные формы деменции, включая болезнь Альцгеймера.  Статья с результатами исследования опубликована в одном из самых престижных научных журналов по химии Angewandte Chemie.

Читать далее »

Тэги: , , ,

Заметка об исследовании фибрилл на сайте Минобрнауки России

Опубликовано: 25.05.2021

На сайте министерства образования и науки РФ (minobrnauki.gov.ru) была опубликована новость о наших исследованиях диффузии фибрилл. «Ученые из Санкт-Петербургского государственного университета (СПбГУ) опровергли выдвинутый оксфордскими коллегами тезис о «диффузионном фильтре» и фактически создали новую теорию диффузионного эксперимента ядерного магнитного резонанса (ЯМР), что в будущем может помочь найти лечение от деменции.»

Полная версия представлена в источнике.

Тэги: , , ,